农业是国民经济的基础。新疆是农牧业大省，同时又是欠发达的少数民族地区，农业的地位尤其重要。农业的可持续发展事关新疆经济发展，民族团结，社会稳定，关系国家安全大局。新疆农村人口比重较大，“三农”问题更为突出，化解难度也更大。长期低位徘徊的农民收入与发展滞后的农村经济目前已成为新疆经济的“短板”。农业的发展一靠科技，二靠政策，三靠投入。长期以来，新疆农业科技发展严重滞后于农业发展的需要，根本原因在于农业科技投入不足。因此对新疆财政农业科技投入进行研究，既符合农业发展的需要，也符合经济社会发展的需要，具有重要的意义。　　 本研究主要运用公共选择理论、技术创新理论等工具，采用理论研究和实证分析相结合的方法，在回顾和总结新疆财政农业科技投入体制变迁历程的基础上，分析了新疆财政农业科技投入现状和投入中存在的问题，利用灰色关联分析方法，从动态的角度对新疆财政农业科技投入与农业经济增长、农民增收之间的关系进行时间相关分析。初步得出以下结论：(1)新疆财政对农业科技投入的体制不顺，存在制度缺陷、行政集权式管理问题比较突出、投入总量不足，增长不稳定，与农林牧渔业总产值的贡献不对称、投入结构不合理等问题；(2)新疆财政农业科技投入水平同农业经济增长、农民收入增加之间呈现出较强的关联度，表明财政农业科技投入对新疆农业发展、农民增收的促进作用很明显。政府加大对农业科研的投入能够推动农业科技的发展，进而促进农业经济增长，提高农民的收入。在此基础上，构建了新疆财政农业科技投入新机制，即稳定的经费投入机制、合理的竞争机制、高效的管理机制、严格的监督机制等，并提出了今后新疆财政农业科技投入的相关政策建议，为新疆政府制定更加合理的投入决策以及扶持农业科技的政策提供依据。