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黏菌素（Colistin）是一种广泛应用于动物生产和人类疾病治疗的多黏菌素类抗生素。过去认为黏菌素的耐药机制与染色体介导有关,不能水平转移,直到2015年由质粒介导的可水平转移的黏菌素耐药基因mcr-1被发现,随后大量的报道表明该基因在全球范围内的广泛传播,人、动物、环境甚至食品中都存在mcr-1基因的流行,而基因mcr-2至5以及众多亚型的陆续发现,都不得不引起我们对mcr-like基因的关注,以及对黏菌素耐药情况的监测。众所周知,传统的细菌耐药流行性调查,通常只选取单个样品中相同种属的单个克隆株进一步研究,但是这很可能会导致物种多样性以及耐药性的传播情况被低估。本研究采用与以往不同的研究方法,较为全面的对mcr-1基因在宿主内的多样性进行研究。在本研究中,随机挑选黑龙江、广东、安徽三个动物医院的共9个携带mcr-1基因病鸡肛门拭子样品,挑取合适稀释梯度下的所有单菌落（每个培养基约50个单菌落）,并进行3个重复实验。经MIC验证共得到黏菌素耐药菌1094株,包括99株天然耐药菌（M.morganii、P.vulgaris/penneri、P.mirabilis、P.stuartii和S.marcescens）与995株非天然耐药菌（E.coli、E.fergusonii、K.pneumoniae、K.quasipneumoni和E.cloacae）。在黏菌素耐药菌中mcr-1基因携带率达88.4%（968/1094）,包括E.coli（n=962）、E.fergusonii（n=2）、K.pneumoniae（n=2）和K.quasipneumoniae（n=2）,其中发现同时携带mcr-1和mcr-3基因的E.coli,并首次报道了携带mcr-1基因的弗格森埃希菌（Escherichia fergusonii）和类肺炎克雷伯菌（Klebsiella quasipneumoniae）。最小抑菌浓度检测发现本研究中鸡源mcr-like阳性菌主要对四环素（98.2%）、复方新诺明（92.7%）和氟苯尼考（91.7%）耐药,98%以上呈现多重耐药现象,超过60%的阳性肠杆菌对10种及以上抗菌药物呈现耐药。接合子主要对氟苯尼考（32.3%）、喹乙醇（27.1%）、磷霉素（22.9%）耐药。mcr-1阳性菌株均含有多个耐药基因,主要为floR（91.5%）、blaCTX-M（71.2%）和oqxAB（62.7%）。在接合子中检出率较高的共转移基因为blaCTX-M（32.3%）、floR（28.1%）和fosA3（24.0%）。黏菌素MIC>2的mcr-like阴性非天然耐药菌（2株E.coli和14株K.pneumoniae）都存在pmrA和pmrB的氨基酸突变。从九个样品选取的102株mcr-1基因阳性E.coli共呈现46种PFGE谱型,且每个样品均呈现多种谱型。选取59株mcr-1基因阳性菌进行全基因组测序,结果共呈现41种ST型,其中以ST10最为流行,在三个不同省份的样品中均有发现,其次是ST48和ST1485。通过二代测序结果分析,发现mcr-1基因分别位于染色体和IncI2、IncX4、IncHI2、p0111、IncHI1型质粒上,且同种质粒间存在差异性。mcr-1的基因环境也具有多样性,由多种插入序列（ISApl1、IS1、IS629、IS26）组成多种不同的环境。本研究从菌种、克隆株关系、质粒谱型和基因环境四个方面,深入阐明了鸡肠道内携带mcr-1基因肠杆菌存在大量且广泛的多样性,为今后细菌耐药多样性的研究提供了方法学参考。