元明清王朝从因地制宜、因俗而治的传统治边思想出发，根据西北、西南地区的具体情况推行土司制度。土司制度在西北与西南地区的推行、发展、演变诸方面不但展示了土司制度的整体性特征，而且也体现了各自的区域性特征。本文基于土司制度的整体性特征，比较研究了西北地区与西南地区土司制度的区域性特征。在西北，土司基本是因军功封授土司世职，各族首领，大多是原有民族内部的酋长，但也有汉人、蒙古人和色目人因功授封，或因居住时间长而成为某部首领，从而形成了许多客籍土司；主要分布在甘青地区，基本上在卫所任职，是武职，品级较低；与中央王朝关系基本上和谐；土司始终是在流官的节制之下按朝廷旨意办事，受流官节制且比较成功；土司与藏传佛教的关系，一种是家族式的政教合一，世俗政权大于教权。另一种是叔侄相传的单一僧纲体系。在西南，各地土司是先有世居的部族，后授各部族头人为土司；土司各省都有，职官构成比较健全；土司权势尚大，流官不能节制土司，甚至有的流官受土司节制，甚至有的土司公然起兵反叛中央王朝；在西藏地区，藏传佛教的宗教领袖也是行政领袖，教权大于世俗政权，是一种比较典型的政教合一。在四川与云南藏区主要是藏传佛教的上层僧侣和封建农奴主相互联合的“政教合一”，政权与教权因其力量的消长而消长。籍此揭示出西北土司制度的独特性和西南土司制度的典型性，并探究了产生这种差异的原因及其对后世的启示。