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本试验对鸭疫里默氏菌(RA)1～19型的参考菌株及代表亚型、变异株和未定型的7个分离株共26个菌株的16SrRNA基因以及16S-23SrRNA基因间隔区(ISR)进行了研究，旨在进一步明确RA的系统发育位置，阐明RA16SrRNA基因和ISR的分子特征，并为RA分离株的鉴定、RA感染的快速诊断及流行病学研究奠定技术基础。
用细菌通用引物扩增出RA接近全长的16SrRNA基因，经克隆测序后进行了序列分析。BLASTN结果显示，RA与鸽子里默氏菌、动物溃疡伯杰氏菌和粘金黄杆菌之间的16SrRNA基因序列同源性最高，这些细菌在系统发育树上共同占据一个独立的rRNA分支，结果进一步表明，RA属于rRNA总科V黄杆菌科的里默氏菌属。
获得了鉴定RA的4个分子指标。26个RA菌株之间的16SrRNA序列相似性为99.1～100％，而黄杆菌科中所有可用于分析的菌属内，种间序列差异均大于1％小于10％，提示1％以内的16SrRNA基因序列差异可作为鉴定RA的判断标准。用通用引物扩增的26个RA菌株16SrRNA基因经HaeⅢ酶切后，呈现一致的RFLP图谱，该图谱与大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌16SrRNA的理论酶切分析所产生的图谱具有较大差异，说明RA16SrRNA基因的通用引物PCR-RFLP图谱具有种特异性。根据SSCP分析需要设计引物，从26个RA菌株中均扩增出长约335bp的基因片段，这些PCR产物呈现相同的SSCP图谱，可作为RA的一项特征性指标。基于16SrRNA基因可变区设计引物，建立了RA的种特异性PCR法，该法具有良好的特异性和敏感性，既可用于快速鉴定RA分离株，亦可用于直接检测临床病例，其检测结果与传统方法相符。
对上述26株RA的16S-23SISR进行了克隆和测序，所有菌株的ISR长度分布在两个范围，分别为495～498bp和573～574bp，血清4、8、14、15和17型参考菌株及7个分离株属于后者，其ISR比其它菌株多出约76pb的插入序列ISI。所有菌株的16S-23SISR均包含一个tRNAIle和一个tRNAAla基因，而ISI位于两个tRNA基因之间。设计了扩增ISI的引物，对另外12个RA分离株进行了PCR，其中有10株显示有ISI的存在，说明ISI与地理分布存在相关性。不同RA菌株间16S-23SISR序列相似性为96.8～100％，较16SrRNA基因有更高的变异性，提示16S-23SISR在RA的分子流行病学研究中具有潜在价值。