风洞是空气动力研究的重要地面试验设备，从20世纪60年代，边界层风洞逐步兴起，边界层风洞的测控系统与常规航空风洞测控系统有着很大的区别，其设计方法也相差很大。长期以来，边界层风洞测控系统未形成统一的设计方法与步骤，使得设计工作极为不规范。本文对边界层风洞测控系统进行了研究，对其设计方法和可靠性技术进行了重点研究并将其应用到实际测控系统中。论文针对边界层风洞的特点，提出了合理的设计方案，完成了实现了边界层风洞测控系统的基本功能；采用了多线程技术，提高了数据采集的实时性，同时本文将以太网技术引入边界层风洞测控系统，提高了数据传输的速度；采用BP神经网络与PID控制相结合的策略，增强了转盘电机的稳定性能；为了提高边界层风洞测控系统的可靠性和稳定性，对系统的抗干扰技术进行了深入的研究，针对不同的干扰提出了相应的解决方法：最后，将所研究的方法和技术应用于长安大学CA-1、湖南大学HD-2两座风洞测控系统以及同济大学TJ-3风洞测控系统改造中，达到了预期的目标。