谷子具有光合效率高、耐旱及营养丰富等诸多优点,但是谷子在分子育种研究方面仍远远落后于水稻和小麦等大宗作物。谷子分子标记的开发及基因定位对于谷子产业的持续发展具有极其重要的意义。本研究利用高通量测序技术对名优谷子品种晋谷21、矮杆早熟GBS（♀）×高杆晚熟B168（♂）杂交获得的F₂群体分别构建的极端早抽穗、晚抽穗、高杆和矮杆混合池以及GBS和B168进行全基因组重测序,开发了大量的谷子分子标记,并定位了抽穗期和株高相关基因。（1）基于晋谷21重测序数据鉴定了169037个InDel变异位点和1167555个SNP变异位点,其中适于琼脂糖凝胶电泳检测的InDel位点为14578个。对其中69个InDel位点和1个SNP位点进行了验证,结果表明利用二代测序技术开发的InDel和SNP标记真实可靠。InDel和SNP分子标记具有通用性,可用于狗尾草、谷莠子和谷子种质资源鉴定、杂交种鉴定等研究。同时,开发了一个晋谷21特异的InDel标记2G5509176,利用该标记即可鉴定是否为晋谷21及其衍生品种。（2）基于极端早抽穗、晚抽穗混池及GBS和B168全基因组重测序数据分析,将抽穗期基因定位在9号染色体长度为3.42 Mb的区间内,此区间注释到19个亲本间存在移码突变的基因。利用图位克隆技术对抽穗期基因进行精细定位,最终将抽穗期基因定位在9号染色体815403-1326873区间内,区间长度为511.5 kb。（3）对极端高杆、矮杆混池及GBS和B168全基因组重测序数据进行生物信息学分析。将株高基因定位在5号染色体长度为4.27 Mb的区间内,该区域共有40个基因在亲本间存在非同义突变,最终确定株高候选基因SiSD1,将GBS中的突变基因命名为sisd1。sisd1缺失了第三外显子2266位的G碱基,导致移码突变和翻译提前终止,缺失了83个氨基酸。克隆SiSD1和sisd1基因并成功构建pBA-SiSD1（WT）和pBA-sisd1（GBS）载体。将其转入农杆菌GV3101,通过花序侵染法将其转到野生型拟南芥col和矮杆突变体拟南芥cs62、SALK-016701C中,进行基因功能验证,并得到T0拟南芥种子。本研究可为今后谷子标记辅助和基因组修饰育种提供了理论依据。