环介导等温扩增法检测大黄鱼变形假单胞菌

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变形假单胞菌是于2000年被发现的一种新型水产致病菌,死亡率极高,传染性强。由于网箱养殖密度过大,养殖区大黄鱼一旦感染上变形假单胞菌未及时发现会导致鱼群大面积死亡,造成不可挽回的经济损失。因此有必要建立快速、灵敏、高特异性且操作简便的变形假单胞菌检测技术。本文基于环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP),建立实时荧光LAMP方法(Real-time loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)和环介导等温扩增联合横向流动试纸条(Loop-mediated isothermal amplification-lateral-flow dipstick,LAMP-LFD)用于快速检测变形假单胞菌。研究结果如下:(1)建立LAMP方法检测变形假单胞菌本实验选取变形假单胞菌gyr B基因片段为模板,通过软件Primer Exploer V5设计多对引物,将引物分别进行LAMP反应,通过凝胶电泳观察产物,筛选出条带最清晰的一组引物用于LAMP体系中。对LAMP反应的时间、温度、相关反应试剂的上样量进行优化,获得LAMP反应最佳时间50 min,最佳反应温度66℃、内外引物最佳上样比例为1:8,Mg SO4最佳终浓度为2 mmol/L,d NTPs最佳终浓度为1 mmol/L。LAMP方法对变形假单胞菌纯菌培养物最低检测限为7.56×10~2cfu/m L对DNA最低检测限达1.5 fg/μL。LAMP方法检测变形假单胞菌灵敏度高且特异性良好。(2)建立RT-LAMP法检测变形假单胞菌在获取优化后的LAMP体系基础上,建立了一种无需开盖通过收集荧光信号就能对变形假单胞菌DNA进行实时检测的方法。首先优化荧光染料SYBR Green I,当上样浓度为1×时能获取最佳荧光信号。RT-LAMP方法对变形假单胞菌纯菌培养物最低检测限为7.56×10~1cfu/m L,对DNA最低检测限达1.5 fg/μL。荧光实时LAMP方法检测变形假单胞菌灵敏度比LAMP更高且特异性良好。(3)基于胶体金免疫建立横向流动试纸条检测变形假单胞菌在获取优化后的LAMP体系基础上,建立LAMP-LFD检测方法。利用双抗夹心法的原理制备胶体金层析试纸条。通过生物素标记引物FIP,使LAMP扩增后的产物均带有生物素。在LAMP扩增产物B1C和B2C之间设计一根DNA探针,用FITC修饰探针5’端,先于66℃进行LAMP扩增50min,后加入FITC探针于68℃杂交,再于80℃加热10 min使酶失活,终止LAMP反应。将产物与Buffer混合稀释后即可用层析试纸条检测。LAMP-LFD方法对变形假单胞菌纯菌培养物最低检测限为7.56×10~2cfu/m L。LAMP-LFD方法检测变形假单胞菌灵敏度高且特异性良好。本文优化了LAMP反应体系用于检测变形假单胞菌,并在此基础上建立了RT-LAMP和LAMP-LFD方法检测该菌。RT-LAMP进一步提高检测灵敏度。LAMP-LFD可直接在试纸条上得到检测结果,不需借助大型仪器设备,灵敏度与LAMP相同,试纸条轻便体积小便于携带,适合基层实验室、应急检测或现场监测等,野外采样或偏远养殖场等多种非实验室环境用于快速鉴定使用,具有较高的推广价值。
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