DNA测序技术对生命科学研究有着极其重要的意义。进入21世纪后，DNA测序技术经过不断地改良和创新，出现了相对成熟的已经商业化的二代测序技术(NGS)。相比于一代测序，二代测序速度更快、准确度更高、成本更低。二代测序需要荧光光源激发产生荧光信号来进行测序，因此，稳定可靠的荧光光源对二代测序来说极其重要。本文设计了一个双激光控制系统，本系统能够调节激光功率并维持激光稳定，从而能够得到清晰可辨的荧光照片。　　本双激光控制系统是基于模块化设计的闭环控制系统。本系统的硬件电路部分选用ATmega128作为核心元件，主要由单片机控制模块、供电模块、通信模块、激光控制模块、光电采集模块、电流采集模块、光闸控制模块和温度控制模块组成。　　本系统的软件设计包括上位机软件和下位机固件设计，上位机与下位机之间通过串口通信，实现上位机对下位机的控制。本系统的上位机界面使用C＃语言进行编程。在上位机界面中，操作者可以方便地调节红绿激光的强度及控制光闸的通断。本系统下位机的固件设计仍然采用了模块化的设计思想，有利于把复杂的程序简单化。下位机固件设计主要包括主函数模块、初始化模块、串口通信模块、AD转换和数字滤波模块、激光控制模块及光闸控制模块。　　本双激光控制系统应用于高通量测序仪AG200，为测序提供稳定的可调节的光源。经实验验证，本双激光控制系统能够将光强稳定在±1％以内，已完全能够满足拍摄需求，并且能够拍摄出清晰可辨的磁珠照片。