近年来,在生态环境保护工作和环境公益诉讼的开展过程中,环境损害司法鉴定发挥着举足轻重的作用,逐渐成为司法行政部门及环境经济法学相关学科领域的研究热点。目前,各地的生态基础和司法实践存在较大的地域性差异,且环境损害鉴定还面临着鉴定主体管理体系不规范、鉴定标准不一和鉴定程序混乱、立法空白等诸多方面的困境。尽管司法部、环保部已经出台了一系列文件来规范鉴定主体的准入和鉴定技术的标准,环境损害司法鉴定的发展仍需进一步完善。随着新区域主义的兴起,区域法治逐渐登上历史的舞台,环境损害司法鉴定因其自身的独特性,成为区域法治研究中不可忽视的一部分。学界对环境损害司法鉴定的区域协作进行了很多研究并提出许多理论设想,但是并没有实施到位。实践中部门之间的联动十分困难,且立法机关未能制定相应的法律法规。推进环境损害司法鉴定的区域协作必须建立在全国司法鉴定统一的基础上,只有这样才能既促进环境损害司法鉴定行业的统一发展,又能满足环境污染案件纠纷解决的需求,提高司法鉴定结果的准确性,并加快生态文明的建设进程。面对新的时代使命,环境损害司法鉴定必须强化领导机构的顶层引领,结合区域法治的理论知识,领导部门应制定区域间统一的管理制度、实现信息共享、资源共享,定期为鉴定人员安排培训学习活动;可采取区域间、区域内鉴定机构之间的协作以及鉴定机构与司法机关和环境保护部门之间的协作等多元化的协作模式,不仅是区域协作,还有区域内的部门协作;并设立全国的鉴定行业协会以及专业委员会,对司法鉴定实行双重监管。同时,可以利用新媒体大数据的资源,借鉴“智慧”法院的经验,促进“智慧”鉴定的发展,对鉴定程序进行全程监管,提高鉴定意见的公正性。环境损害鉴定的协作不仅能解决实务中环境诉讼案件的需求,还可以促进全国司法鉴定行业的统一发展,为整个司法鉴定体系协同发展提供经验。