全国中小企业股份转让系统,也称新三板,主要为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务,是主板、中小板、创业板市场的重要补充。自2006年新三板市场成立至今,挂牌企业数量已突破万家,新三板上市公司已成为当前经济发展最活跃的群体之一,也是我国重要的创新主体。由于发展年限较短,目前业界对新三板市场的研究主要集中在法律制度、融资效率、交易方式等方面,对新三板上市公司财务业绩的影响因素少有涉及。而新三板市场作为我国多层次资本市场的基石部分,其经营业绩的提高对建设我国市场经济有着重要意义。鉴于此,本文以新三板上市公司为研究对象,选取2013年以前在新三板上市,并且已在转股系统连续三年公布2013-2015年度财务报表的挂牌公司为研究样本,共计181家公司,探索治理结构、研发投入对其财务业绩的影响。首先,在总结了国内外相关文献和理论的基础上,结合新三板上市公司的特点,本文从股权结构、资本结构、研发投入、独立董事制度四个方面提出研究假设,并建立相关多元线性回归模型。其次,本文采用净资产收益率作为被解释变量,以第一大股东持股比例、股权制衡度、资产负债率、流动负债率、长期负债率、研发投入强度、独立董事制度为解释变量,为了排除其他因素对实证结果的影响,选取企业规模、年份作为控制变量开展实证研究。研究结果显示:较高的股权集中度有利于新三板上市公司业绩的提升;第二大股东对第一大股东的制衡能力越强,企业财务业绩越好;资产负债率、研发投入强度与独立董事制度都与财务业绩显著负相关;流动负债率、长期负债率对财务业绩的影响并未通过显著性检验;最后为了保证研究结果的可靠性,本文选取每股收益作为净资产收益率的替代变量验证了结论的稳健性。最后,对研究结果进行总结和分析,并以此为基础,对新三板上市公司如何提高财务业绩给出了一系列对策和建议。