大黄鱼(Larimichthys crocea)又名黄鱼、黄花鱼,分类上属硬骨鱼纲(Osteichthyes),鲈形目(Perciformes),石首鱼科(Sciaenidae),黄鱼属(Larimichthys)。是我国单一品种养殖产量最高的海水鱼,也是我国六大优势出口水产品之一。肠道微生物是生物体的重要组成部分,是宿主的“外在器官”。了解大黄鱼肠道微生物的群落结构、动态变化及其影响因素对于促进我国大黄鱼产业的持续、健康发展具有重要意义。本研究采用不依赖于培养的PCR-DGGE、构建克隆文库和高通量测序以及传统的分离培养等四种方法,首次对不同发育生长时期大黄鱼肠道及相应时期的养殖水体和饲料中细菌的群落结构及相互之间的关系进行了研究,研究结果如下:1.不同发育时期的大黄鱼肠道细菌群落结构存在明显的差异。生长早期大黄鱼比一龄鱼肠道细菌的多样性高。梭杆菌门(Fusobacteria)主要存在于一龄鱼,而α-变形杆菌纲(α-Proteobacteria)主要存在于生长早期;拟杆菌门(Bacteroidetes)在早期和一龄大黄鱼肠道中丰度都不高;构建克隆文库的方法研究结果表明26日龄的肠道中厚壁菌门细菌含量较多,一龄鱼肠道中较少,但高通量测序结果表明厚壁菌门是一龄鱼肠道中的优势菌,而在12日龄大黄鱼肠道中含量很少。浮霉菌门(Planctomycetes)在生长早期的肠道内发现,一龄大黄鱼肠道内未检测到;γ-变形杆菌纲(γ-Proteobacteria)在生长早期和一龄的大黄鱼肠道内都有,但所含细菌的属不同;在早期和一龄大黄鱼肠道中都有蓝细菌,但在早期肠道内的丰度更高;β-变形杆菌纲(β-Proteobacteria)、放线菌门等在早期和一龄大黄鱼肠道中都以较低丰度存在。在不同发育阶段大黄鱼肠道样品中还检测到Tenericutes和Spirochaetae细菌。对高通量测序结果的分析还发现:12日龄鱼中γ-变形菌纲假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)占73.7%,但一龄鱼中却并未发现该类细菌的存在。梭菌属(Clostridium)和乳球菌属(Lactococcus)是一龄鱼的优势菌(分占59.4%和33.7%),但12日龄鱼中仅有少量的乳球菌属细菌,而没有检测到梭菌属细菌。2.分离培养的结果:用TSA培养基、麦康凯培养基和TCBS等三种培养基对一龄大黄鱼肠道细菌进行分离培养,三种培养基上分别长出1469个、688个和97个菌落。随机挑取不同形态菌落进行分离纯化,最后从TSA、麦康凯和TCBS三种培养基上分别得到63个、40个和10个,共计113个纯培养物。对这113个纯菌进行了RFLP和测序分析,除去条带模糊和测序失败的,最后将其中的95株菌分为6个OTUs。序列分析结果表明,最优势菌是γ-变形菌纲发光杆菌属(Photobacterium),占全部菌株的69.5%。其次是未知属的厚壁菌门细菌(占20.0%),另还有10.5%的γ-变形菌纲弧菌属(Vibrio)。3.大黄鱼养殖水体中细菌多样性非常丰富。γ-变形菌纲细菌为最优势类群,占该样品的67.9%。α-变形菌纲、拟杆菌门和厚壁菌门占次优势地位,分别占13.1%,6.6%和5.9%。另还含有少量的δ-变形菌纲(δ-Proteobacteria)、ε-变形菌纲(ε-Proteobacteria)、浮霉菌门、绿屈挠菌门(Chloroflexi)、绿菌门(Chlorobi)和OP11细菌。4.饲料样品主要含有三大类群细菌,γ-变形菌纲占据该样品明显优势地位,约占84.4%,其次是拟杆菌门黄杆菌纲(Flavobacteria),占10.9%。梭杆菌纲(Fusobacteria)较少,约占4.7%。γ-变形菌纲中以嗜冷杆菌(Psychrobacter sp.)最多,其次是发光杆菌(Photobacterium)。5.大黄鱼肠道、养殖水体和饲料等三类不同性质的样品分别孕育了不同环境特异的细菌类群。不同类型样品的DGGE图谱大体上能够分别聚在一起,即使是在同一发育时期的不同样品中,其细菌组成间也有较大的差异。养殖水体中细菌多样性最高,其次是饲料样品,而肠道样品的细菌多样性最低。变形菌门(Proteobacteria)是肠道样品、饲料样品和养殖水体样品中共同的优势菌群,γ-变形菌纲在饲料样品和养殖水体样品中占据绝对优势地位。这三类样品中也都有拟杆菌门,其在养殖水样中含量较肠道和饲料样品中低。肠道样品与养殖水样中还共有浮霉菌门、α-变形菌纲和厚壁菌门这三类细菌。养殖水样中还检测到许多在饲料样品和肠道样品中均未检测到的细菌类群。