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浮游生物在水体生态系统的物质循环、能量流动以及信息传递等方面起着不容忽视的作用，研究水体中浮游生物多样性组成结构将有助于对水域环境的开发和利用。分子生物学的发展为浮游生物多样性研究提供了新的方法，目前常用的克隆技术、DGGE和RLFP等技术，相对于传统的显微观察方法具有快速、准确的特点，然而复杂的实验流程、较高的成本和低的覆盖度成为这类技术的弊端。下一代测序技术以其快速、准确和通量高的优点，被广泛应用于基因组学和转录组学等领域中，为生命科学的研究提供了许多新的方法。本研究把高通量测序技术应用