当前城市规划建设进程快速、各地国有土地上房屋征收活动频繁，因公共利益而对被征收人私有财产造成损害或对原有生活水平保护不全面的冲突却屡见不鲜。这些矛盾的存在不仅损害了被征收人的合法权利，更加影响了政府的形象和城市发展的步伐。本文的研究对指导国有土地上房屋征收补偿制度的完善与改革，推动房屋征收活动的和谐开展具有重要意义。在深入研究国内外相关理论和相关概念内涵的基础上，首先分析了我国现今国有土地上房屋征收补偿中出现的问题，认为法律法规细则规定上的空白、可操作性不强、补偿范围过窄、补偿方式有限、救济制度存在缺陷等都严重影响了征收补偿的实施效果。其次，通过阐述实质公平是存在被迫交易的隐性前提，也是公平补偿原则的内在要求和市场价值的必要补充，并分析实质公平与形式公平对立统一的辩证关系后，认为实质公平的内在要求是要实现被征收人之间和被征收人与征收人之间两方面的公平。同时提出了房屋征收补偿问题研究新的视角，即只有尊重每一个被征收人合法权利、充分衡量征收各方的利益平衡点、承认被迫交易的隐性前提，基于被征收人意愿考虑房屋征收补偿，才有可能达到征收补偿的理想状态。在分析了充分考虑被征收人意愿的必要性后，本文基于亚当斯公平理论构建出相对客观的评价方法，来设计评价相对主观的公平性问题。再次，通过对南昌市地铁1号线征收补偿的实质公平评价，充分展现了现行征收补偿的优弊，虽然当前的征收补偿政策已经较为公平合理了，但和实质公平还有一段距离。最后提出实现房屋征收补偿实质公平的建议，包括规范细化公共利益的界定认定程序和补偿方案听证规定；补偿因征收导致的附带损失；提供更丰富更人性化的补偿方式；按照现实的户均住房面积设置最低保障面积；妥善解决评估中房屋价值异议问题；法定行政征收民事补偿的征收补偿性质，加强法制教育，增强服务意识，保证征收当事人的平等地位等。