新《行政诉讼法》规定,行政协议案件可通过行政诉讼程序审理,为行政协议纠纷解决指明了方向,但由于司法实践中的行政协议纠纷类型的多样化,相关立法并不能满足行政协议纠纷司法审查的现状。因此,有必要根据法院案例,从实证的角度出发,完善行政协议纠纷司法审查制度。要准确把握行政协议纠纷的概念及特征,重视行政协议纠纷纳入司法审查的意义。同时要确立法院审理行政协议纠纷确立的的三大司法审查原则:合法性原则、诚实信用与信赖保护原则以及利益平衡原则。只有确立行政协议司法审查原则大前提的情况下,才能具体确定司法审查的规则。在原则的前提下,从受案范围、起诉期限与诉讼时效问题、原告资格、法律适用等方面确立行政协议纠纷司法审查的规则。行政协议纠纷除了司法审查途径之外,还通过运用协商、调解、仲裁、行政复议等非诉途径解决行政协议纠纷,为行政协议纠纷的解决提供多元化的途径。