艾滋病(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)是由感染人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)所导致的传染病,严重威胁着人类的生存。能否研发出有效的艾滋病疫苗和准确地测定HIV病毒载量对AIDS的防控至关重要。然而,HIV是一种具有高度变异性的RNA病毒,这给疫苗的研发及高广谱性的病毒载量测定方法的建立带来极大困难。　　 目前,在全球广泛流行的主要是HIV-1,而Gp120是HIV-1膜表面蛋白,是最关键的免疫靶点之一,也是病毒极易突变的区域。为了研究HIV-1 GO120的多态性和各亚型序列特征,我们从HIV数据库中下载所有全球可行的不同亚型序列,合计为261408条(包括亚型A、B、C、D、G、H、CRF_07BC、CRF_08BC、CRF01_AE),其中包括来自亚洲的18341条,将其转换成蛋白序列后,分析了HIV-1 Cp120和Gp120上5个超变区(V1-V5)序列的长度多态性、糖基化位点数量分布以及氨基酸组成和序列特征。结果显示,在Gp120的5个超变区中,V1和V4区变异度最高,长度变异最大,潜在的糖基化位点数最多,糖基化位点数变异度最大,而且氨基酸组成变化也最大。V2与V5区具有中等变异度,其长度变化范围较小,潜在的糖基化位点稍少,变异度也稍低,氨基酸组成变化也没那么明显。V3区是决定HIV-1细胞嗜性的关键区域,而我们发现V3区是变异度最小的区域,其长度变化范围,糖基化位点波动范围以及氨基酸组成的变化都最小,而且,V3区几乎没有糖基化位点。另外,进行不同亚型比较发现,各区域的长度和糖基化位点变异度极小,但是在氨基酸组成分析中却有明显差异,其中B亚型变异最大,C,D亚型分别次之,A、G、H亚型变异最小。在变化比较小的V2与V5区研究中发现“ALFY”及“ETFRP”2个特征基序,类似于V3区的“GPGQ”特征基序。这些基序可能在Gp120功能发挥中具有重要作用。　　 HIV-1 Cop120多态性研究和序列特征分析对HIV-1 Gp120超变区功能的理解以及针对Gp120的疫苗设计具有重要参考意义。另一方面,在对HIV-1整个基因组序列保守性分析的基础上,我们还针对最保守的LTR区设计了一对引物,并通过逆转录PCR扩增目的片段,用pMD19 T载体构建重组质粒获得了定量标准品,初步建立了基于LTR的HIV-1荧光定量方法。这为进一步发展高效广谱且具有自主知识产权的HIV-1病毒载量检测试剂盒奠定了基础。