科技创新是提升国家核心竞争力,永续发展的不竭动力。自实施创新驱动发展战略以来,我国科技创新经费投入和人员投入水平明显提高,但区域创新驱动产业转型发展的绩效如何?是否均衡?制约绩效水平的因素有哪些?成为普遍关心的问题,因此系统研究区域创新驱动产业转型发展绩效评价及影响因素具有重要的理论及现实意义。以区域创新、产业升级、投入产出、经济评价及系统科学等理论为基础,本文主要做了以下研究:一是梳理了创新驱动产业转型系统的相关理论基础,从投入—状态—产出系统角度深入分析了区域创新驱动产业转型系统的要素构成、反馈机制,建立了创新驱动转型发展概念模型;并在概念模型基础上建立了包含创新投入、活动状态、产业产出3个维度的评价指标体系。二是基于投入—状态—产出框架,假设评价对象创新投入整体处于不足、适中、过度和评价对象存在明显差异4种情境,分析并分别建立绩效评价模型。在绩效评价方法研究的基础上一方面进行SOFM聚类分析,验证评价指标体系及计量模型的科学性、实用性;另一方面建立影响绩效水平的环境因素评价体系,提出被解释变量取值在[0,1]范围的受限因变量回归模型。三是在上述绩效研究方法的基础上,对我国区域创新驱动发展进行现状分析、实际绩效评价,以2012年、2013年31省份区域创新驱动发展指标数据为测算依据,判别我国区域属于科技创新整体投入不足情境,采用此情境绩效评价模型进行评价,并在评价基础上进行聚类分析及影响因素探索分析,根据研究结果可以为提高各种类型区域绩效水平的政策建议提供指导。本文创新提出科技创新作为投入要素,转型升级作为产出结果,创新互动活动状态可观测、可计算的绩效分析思路、评价体系及四种情境下的计量模型,为绩效理论研究提供了新的角度。另外,以我国31行政区域为应用案例的绩效分析、聚类应用研究、创新环境影响因变量受限的回归模型分析,既验证“三维度”绩效分析的理论与方法,又为不同类型区的创新驱动发展实际决策提供科学参考。