儿童B细胞急性淋巴白血病中IKZF1基因的改变特征及临床意义

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目的:研究急性B细胞淋巴白血病中IKZF1基因的改变特征及其预后关系,评估IKZF1改变作为B-ALL新的危险分层标志物的临床价值。方法:收集390例符合纳入标准的初诊B-ALL病例,用基因组定量PCR、sanger测序等方法检测B-ALL的IKZF1基因改变特征,统计分析IKZF1改变与B-ALL年龄、性别、初诊白细胞数、融合基因、染色体特征、总生存率和无病生存率等临床指标间的关系,评估IKZF1改变对B-ALL预后的影响。结果:1.IKZF1的缺失特征:390例儿童B-ALL中,共检出IKZF1缺失(△IKZF1)122例,占31.28%;低危组的IKZF1缺失率为26.97%(48/178),中、高危组的缺失率分别为34.09%(45/132)和38.67%(29/75)。IKZF1最常见的缺失以单等位基因拷贝缺失为主,占96.72%(118/122),双等位基因缺失率仅3.28%(4/122)。在△IKZF1的病例中,局限性大片段缺失比例占76.23%(93/122),单个外显子缺失占13.93%(17/122),其余为非局限性缺失9.84%(12/122);单个外显子缺失以1号外显子为主,约52.94%(9/17);局限性大片段缺失以△1-8和△4-7为主,分别占22.58%(21/93)和16.13%(15/93),其中1例为△1-8双等位基因缺失,3例为△4-7外显子双等位基因缺失;罕见的△IKZF1比例占19.35%,每种缺失类型的发生率<4%。△IKZF1在高危组B-ALL中明显高发,占38.67%;BCR/ABL+B-ALL中△IKZF1率约68.18%(15/22);BCR/ABL样B-ALL中的缺失率约42.05%(37/88);而BCR/ABL-B-ALL中IKZF1缺失率仅29.08%(107/368);此外,在other B-ALL中△IKZF1的发生率高达38.46%(60/156)。2.IKZF1的突变特征:242例受检的B-ALL标本中,3例患儿存在IKZF1 8号外显子单核苷酸序异常,2例为点突变(c.1357A>C,p.S453R),1例为IKZF1微缺失(c.1020-1022delGGT,p.Val341del),前者为IKZF1特定的单核苷酸多态性(SNP)rs748892029。5号外显子未检出IKZF1突变,但在其下游检测到SNP位点rs113962761,发生率15.29%(37/242);此外,在8号外显子区检测到2种同义突变c.1002C>A;p.Pro334Pro和c.1176C>T;p.Asn392Asn,是IKZF1特定的SNPs:rs61731355和rs61731356,发生率分别为9.09%(22/242)和15.29%(37/242)。3.△IKZF1患者的临床特征:390例初诊B-ALL病例按IKZF1是否缺失分为△IKZF1组和非△IKZF1组,统计分析年龄、性别等临床指标发现,△IKZF1组的血红蛋白低于非△IKZF1组(P=0.038),其他指标无明显统计学差异。△IKZF1在低危B-ALL的发生率明显低于非△IKZF1组(36.89%vs.49.43%,P=0.021);亚倍体核型和t(9;22)(q34;q11.2)染色体易位在△IKZF1组中发生率明显高于非△IKZF1组(7.29%vs.0.43%,P=0.001;12.94%vs.1.71%,P<0.001),但染色体特征为其他的B-ALL中△IKZF1的发生率较非△IKZF1组显著减低(3.23%vs.17.95%,P<0.001)。此外,△IKZF1组中CRLF2阳性高表达率显著高于非△IKZF1组(43.02%vs.24.76%,P=0.001);死亡率明显高于非△IKZF1组(36.45%vs.23.65%,P=0.017)。4类主要的△IKZF1类型的年龄、性别、初诊时白细胞计数等指标无统计学差异,但高危组中△4-7的发生率高于其他△IKZF1组。4.IKZF1改变与B-ALL预后的关系:390例初诊B-ALL病例按IKZF1是否缺失分为缺失组(△IKZF1)和非缺失组(△IKZF1),分别占31.28%和68.72%。△IKZF1组的总体生存率(68.81%vs 87.04%,p=0.010)和无病生存率(67.87%vs 85.47%,P=0.008)都明显低于IKZF1野生型组。进一步分析IKZF1的不同缺失类型与预后的关系,发现常见的IKZF1缺失类型(△1-8和△4-7)不利于B-ALL生存,其总生存率和无病生存率都较IKZF1野生型患者显著减低(OS:61.57%vs 87.04%,P=0.043;EFS:60.49%vs 85.47%,P=0.040);同样,存在罕见△IKZF1的B-ALL其总体生存率(70.72%vs 87.04%,P=0.036)和无病生存率(69.98%vs 85.47%,P=0.032)都明显低于IKZF1野生型B-ALL。一些少见的IKZF1缺失类型中,△2-8的B-ALL与野生型患儿相比,OS(23.8%vs.72.8%,P=0.003)和EFS(21.4%vs.72.5%,P=0.002)均显著降低;但△1、△2-3和△4-8对B-ALL的生存无明显影响。各个IKZF1缺失组间的生存率未发现存在显著统计学差异。最后,我们研究了△IKZF1对不同B-ALL亚型预后的影响,发现在BCR/ABL+B-ALL中,△IKZF1组的OS、EFS较非△IKZF1组都表现出减低趋势(25.64%vs.45.67%,P=0.481;20.21%vs.42.92%,P=0.430),但△IKZF1对BCR/ABL样B-ALL和other B-ALL的生存率无明显影响;而在BCR/ABL-B-ALL中,△IKZF1组的OS、EFS显著低于非△IKZF1组(72.96%vs.87.90%,POS=0.042;72.29%vs.86.33%,PEFS=0.038)。5.影响B-ALL预后的危险因素:COX回归分析结果显示初诊WBC≥50×109/L、染色体核型异常和IKZF1基因缺失对B-ALL预后有独立的不良影响;BCR/ABL融合基因阳性的B-ALL风险比明显升高3.315(95%CI:1.698-6.473;P<0.001),但患儿性别、年龄、PBX1/E2A融合基因、MLL基因重排和CRLF2高表达对B-ALL的生存率无明显影响。结论:我们的课题研究了儿童B-ALL中IKZF1的改变特征,结果显示除BCR/ABL+B-ALL和BCR/ABL样B-ALL外,△IKZF1在高危B-ALL和other B-ALL中较常见,IKZF1缺失的B-ALL儿童的生存率显著减低,表明△IKZF1是继初诊WBC≥50×109/L、染色体核型异常之后的又一危险因素,可能作为B-ALL一个独立的预后不良分子标志物。
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