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本实验对形态学鉴定和生理生化鉴定，不能明确地确定其类型的6株酸马奶中分离提纯的酵母菌，提取单菌株基因组DNA，用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因，连接入pMD19-T载体，克隆鉴定后，进行序列测定，将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析，并建立系统进化树。
结合系统发育树及5.8S rDNA和ITS的序列分析结果，可将菌株Y12判定为Saccharomyces unisporus(单孢酵母)，菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母)，菌株H19判定为Issatchenkia orientalis(东方伊萨酵母)，菌株S30和S39判定为Candida ethanolica(乙醇假丝酵母)。菌株J14的鉴定结果与传统分类方法的鉴定结果一致。