我国苜蓿种质资源丰富，发展形成了各具特色的品种，以往其鉴定多依赖于形态学标记等传统方法；由于DNA分子标记直接以遗传物质DNA为研究对象，它不受环境因素影响，多态性高，所以对苜蓿品种的客观、快速鉴定有重要意义。 本文以中国牧草审定委员会审定登记的四个紫花苜蓿品种(中苜一号、肇东苜蓿、甘农三号、公农一号)的幼苗单株DNA为研究对象，采用RAPD标记技术，用群分法和具有品种特异条带的单株比例分析品种DNA序列间的差异以及差异的稳定性。试图获得可以区分四个供试紫花苜蓿品种的特异性RAPD标记。 结果如下：1.采用CTAB法提取基因组DNA，得到纯度高、完整性好的基因组DNA。 2.通过设置退火温度梯度，得到适宜RAPD技术进行品种鉴定的退火温度。 3.通过对RAPD反应体系中的反应物逐一设置梯度，得到优化的适宜进行品种鉴定的RAPD体系。采用该反应体系，在反应体系中各种试剂来源、浓度保持一致的前提下，严格按照反应程序中各个环节的要求操作，RAPD技术表现出良好的稳定性和可重复性。 4对120-条RAPD随机引物经过初步筛选和重复筛选，共有34条引物产生多态性条带，其中S1,S78,S89,S91,S115等5条引物能够扩增出明显的品种特异性条带，或者带谱中出现特异性条带的缺失。这些特异性条带(包括缺失条带)可以作为品种鉴定的特异性标记。 5本实验应用筛选出的RAPD标记引物对各供试品种单株DNA的扩增结果表明，筛选出的RAPD标记引物对各品种单株扩增，扩增后的特异性条带在单株中所占的比例较稳定。 本研究为苜蓿品种的鉴定取得了阶段性成果；研究得到的RAPD反应体系可以应用于更多苜蓿品种的鉴定，已经得到的品种特异性分子标记可以进一步转化为SCAR标记，将更加稳定地表示品种特异性标记，从而推进苜蓿品种鉴定的进程。