北京雾灵山自然保护区地处暖温带落叶阔叶林向温带针阔混交林过渡的地区,具有很高的物种多样性。据调查,区内有野生维管束植物101科362属702种,其中包括蕨类植物13科21属43种,种子植物88科341属659种;栽培植物有26科34属38种,全部是种子植物。在区内还发现了一些北京植物新记录和新分布地种,新纪录种包括羊角芹属(Aegopodium),掌叶大黄(Rheumpalmatum),小叶羊角芹(假当归)(Aegopodium alpestre);新分布地种包括浅裂剪秋萝(Lychnis cograta),连翘(Forsythia suspensa),异叶轮草(Galium maximo),翼茎风毛菊(Saussurea japonica)和北萱草(Henerocallis esculenta)。该区区系的形成与起源较为复杂,中国植物的15个分布型在本区都有一定数量的分布。由于地处北温带,温带成分在本区占有绝对优势,比例占到了50%以上。根据重要值,雾灵山保护区植被可以划分为3个植被型组,5个植被型,42个群系和139个群丛,非常丰富。根据植物的数量和植物在标准地、群丛和区域的出现频度,雾灵山的植物濒危程度可以分为5个级别,其中Ⅰ级12种,Ⅱ级26种,Ⅲ级68种,Ⅳ级134种,Ⅴ级233种,剩余235种数据不充分,未能评价,列为未评价种。经检验,北京雾灵山的濒危物种黄檗(Phellodendron amurense)为聚集分布,扩散能力很差,并且与紫椴(Tilia amurensis)、核桃楸(Juglans mandshurica)等物种种间关系为负相关,种间存在竞争,所以,其种群需要采取一些措施进行保护,并且进行一些人工的繁育,协助其种群的扩大。