生态行政，即政府通过行政职能和管理行为，实施对生态与环境的保护、修复和改善，是当代各国政府和学术界普遍关注的重大问题。本论文基于行政学和公共经济学的视角，以科学发展观为指导，坚持理论研究方法与实证分析方法紧密结合的原则，从生态行政贯穿公共管理和公共服务的全域和全程，涉及整个行政管理系统和所有工作环节的高度出发，打破传统的行政管理理论将政府生态职能局限在部门行政范畴的研究路径与研究方法，以生态行政职能的改革为主线，研究了生态行政职能的若干理论和实践问题，提出了生态行政管理体制、机构改革的构想和思路。 本文从生态、生态管理、生态行政、生态行政职能的定义研究入手，运用行政学关于行政职能的原理、公共经济学关于经济外部性原理和生态行政学关于生态整体观原理，确立了生态行政职能的理论基础。通过现代公共服务的理论和实践研究，探讨了生态行政职能的公共服务属性，指出生态行政属于政府公共服务职能的定位，以及确立这一定位的重大意义。 在分析了国内外政府生态行政职能模式的基础上，本文构建了适合我国国情和生态规律的政府生态行政职能框架，即在现有机构职能配置基础上，立足重构，分步到位，按照全面整合、提升层次的要求，以科学为依据，以法律为依据，以建立高层次生态综合管理机构和生态资源监管机构为切入点，以生态保护、修复和改善(尤其是发展林业)为龙头，以污染治理为重点，形成机构人员网络化、管理职能集合化、政策措施配套化、执法工作经常化、管理方式信息化的有机整体管理职能架构，形成统一协调与各负其责相结合、建设为主预防为主与治理得力应急有效相结合、中央宏观调控与地方微观管理相结合、市场机制为主与适度行政审批相结合的职权行使机制和工作方式。论文对如何梯次推进我国政府生态行政职能转变的这一重大改革提出了对策建议。 为了加大生态行政职能确立的科学含量，本论文研究了生态行政职能的支持系统、保障系统和绩效管理系统。支持系统主要研究了生态信息系统、信息报告制度和信息预报方法。保障系统主要研究了法制和政策体系，提出了把环境法律体系改造为生态法律体系的意见。绩效管理系统主要研究了绩效评估的指标与管理方法。 论文还以林业、草业如何处理好政府与市场关系问题做了实证研究，阐述了生态管理中解决经济“外部性”的具体思路。