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通过光镜和扫描电镜分析了 6 种甲藻的形态特征，并通过甲藻形态进化假说分析了甲藻形态进化过程，包括壳板的进化方式。同时以我国长江口海域重要赤潮爆发种东海原甲藻（Prorocentrum donghaiense）和与该种有分类争议的具齿原甲藻（P. dentatum，CCMP1517）为对象，以大亚基核糖体高变区 D1 和 D2 区（28S rDNA）、小亚基核糖体 DNA（18 S rDNA）以及大小亚基之间转录间隔区（ITS）为主要种特异序列为识别手段，分析了其序列差异；结合流式细胞术获得的多参数进行了比较分析，从形态、分子、以及细胞多参数分析了两个种的相似性和差异性。以 6 种甲藻的小亚基核糖体 DNA 序列，结合另外 11 种甲藻建立了系统发育树，并结合形态学分析其系统发育关系。 结果表明东海原甲藻和 CCMP1517 虽然具有不同的生长特性，但它们在细胞大小、形态特征以及亚显微结构上极为相似，其核糖体转录间隔区 ITS 区相似度达到 100％，18S rDNA 序列相似度为 98.7%，在系统发育树中聚为一类，且进化距离等长。以上结果说明东海原甲藻和 CCMP1517 为同一种，它们生长特性和 1.3%的 18S rDNA 序列的差异性正是物种针对不同地理环境适应性的表现，以及环境因子作用下所出现的物种基因变化。 通过分析 17 种甲藻 18S rDNA 序列构建的系统发育树，营浮游生活的原甲藻在显著水平上聚为一类，而底栖种聚为一类，统计置信度均高于 95％，底栖原甲藻和营浮游生活原甲藻在 NJ 树和 ML 树上均为两个分支，且底栖型的分异速度较浮游型迅速，该结果说明原甲藻属中浮游种和底栖种应分属于不同类群。 此外，亚历山大藻（Alexandrium）在 NJ 树和 ML 树上的抽样自展值（98%-100%）达到极显著水平，且三种亚历山大藻的分支均为膝沟藻属（Gonyaulax）下的分支，这表明亚历山大藻与膝沟藻属的差异性，与形态证据的系统发生结论有相互印证的地方。（Gymnodinium）在 NJ 树和 ML 树中形成姊妹群，结果表明原甲藻浮游种和裸甲藻可能有更近的起源关系。 本文建立了一套完整的甲藻分子分类学研究方法，并首次通过形态学、分子生物学和流式细胞多参数区别了在我国分类上具有争议的东海原甲藻和具齿原 1<WP=6>硕士毕业论文 中国近海几种重要赤潮甲藻分类学及其系统发育学研究甲藻，这项工作不仅为在我国快速鉴定赤潮甲藻提供新的方法，也为研究微藻生物多样性提供了基础性资料。