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云斑尖塘鳢(Oxyeleotris marmoratus Bleeker)在分类学上隶属于鲈形目（Perciformes），鰕虎鱼亚目(Gobioidei)，塘鳢科（Eleotridae），尖塘鳢属（Oxyeleotris）。云斑尖塘鳢国内俗称泰国笋壳鱼、泰国褐塘鳢，分布于东南亚的湄公河水系。云斑尖塘鳢肉质白嫩爽脆、营养丰富，无肌间刺，深受我国东南沿海、珠江三角洲地区、日本、东南亚及港澳台消费者青睐。随着云斑尖塘鳢工厂化养殖业的迅猛发展，苗种需求量也伴随着逐年递增。水产动物的种质资源是水产动物育种、养殖生产和渔业可持续发展的重要物质基础。我国无云斑尖塘鳢的记录，因此，云斑尖塘鳢的选育工作显得尤其重要。本论文主要研究结论如下: 1.筛选出4个ISSR引物，并对广州番禺和三亚两个地区云斑尖塘鳢亲鱼进行遗传多样性分析。每1个引物扩增出5～12个位点，大小是0.14～1.5 kb，多态性比例83.87％，Neis基因多样性是0.3114，Shannon信息指数是0.4591，整体水平有效等物基因数是1.5449，两个群体间的遗传相似系数是0.8737，遗传距离是0.1350。平均杂合度（Ht）是0.3114;两个群体内平均杂合度(Hs)为0.2649，群体间遗传分化系数Gst为0.1493，种群间基因流（Nm）为2.8499，基因流水平较高。广州番禺的云斑尖塘鳢群体遗传多样性略高于三亚群体。分子方差分析，得出云斑尖塘鳢19％的变异发生在群体间，81％的变异发生在群体内部。构建云斑尖塘鳢24个个体的UPGMA系统树，结果表明:广州番禺和三亚两个地区的云斑尖塘鳢没有较明显的分支，不以地理位置聚类。24个云斑尖塘鳢个体的主成成分分析，进一步验证聚类分析的结果。 2.PIT、VIE在云斑尖塘鳢育种工作中可行性分析。经过T检验，PIT在云斑尖塘鳢2龄成鱼标记的实验组和对照组，2龄成鱼体重差异不显著，综合成活率、体重变化、识别率，这三个因素，实验组和对照组，均无显著差异。可以将PIT标记应用到云斑尖塘鳢亲鱼标记。VIE标记的12个实验组云斑尖塘鳢体重和对照组云斑尖塘鳢体重进行T检验，差异不显著，综合VIE标记的云斑尖塘鳢种苗的体重、存活率、识别率三个因素考虑，VIE红色和蓝色荧光标记，可以作为云斑尖塘鳢种苗生长评估的一种标记方法。 3.PIT对云斑尖塘鳢亲鱼构建12个家系，VIE对亲鱼繁殖的F1代种苗进行标记，研究亲鱼遗传距离与后代绝对生长率的相关性。遗传距离在0.232400～0.366866之间时，亲代间遗传距离与F1代生长速度之间成正比。遗传距离在0.500316～0.654667之间时，亲代间遗传距离与F1代生长速度之间成反比。12个家系组合的亲本遗传距离范围是0.041691～0.65467，亲代间遗传距离与F1代生长速度之间的关系是以高斯分布的函数形式呈现(R2=0.93269)，理论上计算出，最佳亲本间遗传距离是0.39254。 本研究为云斑尖塘鳢苗种繁育、种质资源的保存和利用以及种质鉴定等提供一定的理论依据，同时，对其他特种水产经济动物的资源保护、种质改良的研究提供参考。