葡萄OVATE转录因子家族的鉴定、表达分析及VvOFP8和VvOFP17基因的克隆

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OVATE蛋白家族(Ovate Family Protein,OFP)是一类调控植物生长发育的转录抑制因子,在拟南芥、番茄和水稻等植物中均有研究报道,并鉴定出一些OFPs调控番茄、拟南芥果实形状。果实形状是葡萄一项重要的外观品质,研究果形发育的分子机理对果形选育具有重要意义。本研究对葡萄OVATE转录因子家族进行了全面的鉴定和生物信息学分析,利用实时荧光相对定量PCR技术探究了该家族成员的表达模式,从’宝满’葡萄中克隆得到两个可能调控果形的相关基因VvOFP8和VvOFP17,并进行生物信息学分析和表达特性研究。主要研究结果如下:1葡萄OVATE转录因子家族包含17个成员,不均匀地分布在11条染色体上,均没有内含子结构,编码115-444个氨基酸,等电点4.55-9.69,均为亲水蛋白;所有蛋白均包含完整的OVATE保守结构域,亚细胞定位主要在细胞核中,除VvOFP9外,其余蛋白均含有1-11个核输出信号(Nuclear Export Signal,NES)保守位点,且多数基因仅含有1-2个保守位点。进化树分析表明,葡萄和拟南芥OVATE蛋白家族可聚为六类,其中,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ类仅包含两个基因,Ⅰ、Ⅳ、Ⅵ类中VvOFPs和AtOFPs相互交错地聚类在一起;VvOFPs和AtOFPs共包含10个未知基序,保守元件1和2位于OVATE结构域区域,此外,在OVATE结构域外每个类别均包含特有基序。2葡萄OVATE基因家族具有组织表达特异性,多数VvOFPs在根、嫩茎和花中表达量较高,在嫩叶和果实中仅检测到少数基因表达;VvOFPs在果实的不同发育期表达量存在差异,通常在开花前一周和开花期表达量较高,而花后4周果实中表达量较低。共有2对旁系同源基因(VvOFP1和VvOFP17,VvOFPV和VvOFP15)表达模式相似,4对旁系同源基因(VvOFP6和VvOFP10,VvOFP3和VvOFP7,VvOFP 和VvOFP11,VvOF,和VvOFP8)产生了新的表达模式;此外还发现一些成员的表达模式非常相似,如VvOFP6和VvOFP7在花前1周中的表达量较高,推测其可能含有冗余的功能。3 VvOFP8基因开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)长度为 1191bp,编码 396个氨基酸,VvOFP17基因ORF长度为1209bp,编码402个氨基酸,同NCBI上登录序列相比,两条序列中均存在位点突变。生物信息学分析表明,两个蛋白均含有OVATE结构域,二级结构主要有无规则卷曲组成,VvOFP8蛋白定位在细胞质,在OVATE结构域中预测含有1个卷曲螺旋结构,VvOFP17蛋白定位在内质网和细胞核,含有两个核定位信号,在N端含有1个跨膜区。两个蛋白和其他物种OVATE蛋白的进化关系与物种进化规律一致,功能预测表明VvOFP8和VvOFP17蛋白均具有转录调控作用。表达分析结果表明,VvOFP8在两个品种的开花期表达量最高,且圆形果的表达量高于长形果;VvOFP17在圆形果品种花后2周表达量最高,而在长形果品种花期表达量最高,由此推测葡萄VvOFP8和VvOFP17基因的表达差异可能影响葡萄果实的形状。
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