伴随着以大都市带城市群为中心的区域经济浪潮的兴起,从长三角、泛珠江三角、环渤海湾到东三省、湖北省内的武汉城市圈等区域联合方兴未艾,而最新的一带一路、京津冀协同发展和长江经济带三大国家战略则将区域合作上升到国家战略的高度,相似的经济文化背景、社会环境使这些行政区域间的联系日趋频繁和深入。为了更好的消解行政壁垒对经济活动的影响,增加资源的互补与利用,提高行政事务的效率,一种区域政府之间进行合作的新形式——区域政府合作协议也孕育而生,而且合作协议无论从数量上还是范围上都有着飞速的增长和扩张。对于区域政府合作协议这一新兴事物首先需要对其概念进行界定,对其特征进行分析,从而明确研究的对象。目前,学界对区域政府合作协议的概念表述存在着很大的争议,有些是行政法中的传统概念,有些来源于域外如美国、我国台湾地区,有些来自于学者的创新。本文使用了更加清晰明了的合作协议的表述,并将研究重点放在对这一类协议的特征研究上。在此基础上,总结了区域政府合作协议的特征包括了主体的特定性、地位的平等性、目的的行政性、过程的合意性、协议的要式性等五个方面。区域政府合作协议的缔结权问题是该课题研究的起点。由于在现有的法律规范中无法找到地方政府缔结权的合法性依据,这就需要对行政法中的法律保留原则进行思考和突破。由于合作协议的效力不仅约束各缔约方,还约束到辖区内所涉及的公众,会对合作协议缔约方以外的第三方的权利义务造成影响,这种形式上符合协议的要求,但内容上影响到第三方权利义务的行为,形成了对合同相对性原则的挑战。区域政府合作协议中隐含了对地方政府处理地方事务权力的认可,因此研究区域政府合作协议还需要分析中央与地方政府权力的关系和边界,以及地方政府之间的既竞争又合作的复杂关系。对区域政府合作协议缔结权的理论思考还需要对区域政府合作协议的法律属性及其相关问题进行解答,得出了缔结权并非一种独立的行政权力类型、缔结行为属于一种行政行为、缔结权是一种行政自由裁量权的结论。在此基础上,总结了区域政府合作协议缔结权的法治化路径,也就是如果要对区域政府合作协议进行法治化的规范,应该是以公法模式为主私法模式为补充、以程序规范为主,以统一立法为宜,但不需要就区域政府合作协议单独立法,只需要将其内容纳入其他行政程序规范中即可。由于我国目前缺少对区域政府合作协议的立法,借鉴其他国家和地区的相关规定就有其必要性。美国的州际协定与州际行政协议制度,西班牙的《公共行政机关及共同的行政程序法》、日本的《地方自治法》以及我国台湾地区的“地方制度法”和“行政程序法”等法律规范中对区域政府合作协议的规定,特别是有关程序的设定对完善我国的区域政府合作协议制度有很大的启示作用。对区域政府合作协议进行体系化的研究,需要分别从实体和程序两个方面进行建构。实体方面的研究包括了区域政府合作协议的缔结主体、合作协议的原则、合作协议的主要条款、合作协议的效力、合作协议的履行等问题。程序方面则包括了与区域政府合作协议相关的缔结程序、合作协议的批准与备案、公众参与程序、协议的争端解决、协议的修改与终止等程序问题。只有对与区域政府合作协议的实体与程序问题进行全面的分析和总结,才能更好的规范区域政府合作协议这一新型公务合作形式。由于在区域政府合作协议的实践走在理论之前,现有的法律体系又无法对其加以规范和约束,所以有些区域政府合作协议流于形式变成一纸空文,甚至有些合作协议为了局部利益损害了公众利益,而由此产生的纠纷则更是缺少相应的解决途径。通过对区域政府合作协议的研究,可以促进这个旨在加强地区间交流和合作、提高行政效率、减少区际交往成本的互利互惠的合作形式更好的发挥其功能,并提高行政活动的法治化水平。