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本研究以蜚蠊目(Blattaria)蜚蠊科(Blattidae)大蠊属(Periplaneta)俗称蟑螂的澳洲大蠊(Periplaneta australasiae)、美洲大蠊(Periplaneta americana)、褐斑大蠊(Periplaneta brunnea)及黑胸大蠊(Periplaneta fuliginosa)4 个物种共203个样本为研究对象,基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因序列和基于测序基因分型(Genotyping by sequencing,GBS)技术对大蠊属4个物种进行分子鉴定,弥补传统形态鉴定的不足;同时,进行系统发育关系初步分析,以期了解4个大蠊属物种间的亲缘关系,为相关后续基础应用研究奠定一定的分子基础。经分析获得以下主要结果:(1)在4个大蠊属物种203个样本的COI基因658bp序列中共检测到118个变异位点,定义了 20个单倍型。(2)4个大蠊属物种的种内遗传距离为0～0.01,平均种内遗传距离为0.0025;4个大蠊属物种间遗传距离为0.08～0.13,平均种间遗传距离为0.11。(3)在基于COI基因序列的系统发育树和单倍型网络图上,所研究的4个大蠊属物种的序列各自聚集为一个独立分枝;在系统发育树上,黑胸大蠊位于基部,美洲大蠊位于顶部,表明前者是较早分化出来的物种,后者是较晚分化出来的物种。(4)基于GBS数据的结果显示,4个大蠊属物种间遗传分化指数为0.4242～0.7044,表明4个大蠊属物种间遗传分化程度高,可明显区分为不同物种。(5)对4个大蠊属物种的GBS数据搜索简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记,发现存在7种碱基重复类型,其中3碱基重复类型最多;经SSR聚类及多态性评估分析,筛选出可用于两两物种鉴定的83个SSR标记位点。(6)基于GBS数据的主成分分析和系统发育关系分析结果显示,澳洲大蠊、褐斑大蠊、美洲大蠊和黑胸大蠊分别聚集为一个独立簇或分枝,表明GBS数据能够明显区分这4个大蠊属物种。综上所述,COI基因序列和GBS测序数据均可有效运用于大蠊属物种的分子鉴定及系统发育关系初步分析。本研究为大蠊属物种(俗称蟑螂)相关后续研究提供了科学依据。