基于10-23脱氧核酶催化结构域的新型化学修饰策略与高效脱氧核酶的发现及催化机制研究

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10-23脱氧核酶是利用体外筛选技术得到的一个具有切割RNA活性的单链DNA分子。它具有高效的催化效率和特异的序列识别能力,切割位点位于底物未配对的嘌呤和配对的嘧啶间的磷酸二酯键。作为一种强有力的几乎通用的RNA特异性切割工具,它不但在体外可以作为限制性内切酶,在体内也可以作为RNA基因水平的失活剂。尽管在体外实验中,10-23脱氧核酶表现出良好的生物学活性,但是在生物体内,催化活性受多种因素限制而显著降低,脱氧核酶在体内可被核酸酶降解,而且体内的二价离子(如Mg2+)浓度较低,都影响了其催化活性的发挥。因此,发展高效,稳定的脱氧核酶是科学家们研究的重点。目前的修饰主要集中在它的识别结构域,提高稳定性的同时,催化活性一般也有所降低。而对催化结构域的化学修饰是一项极具挑战性的工作,迄今没有发现能提高催化速率的化学修饰方法。我们根据前人的研究成果和催化结构域的碱基组成,设计了全新的修饰策略,将关注点集中在嘌呤碱基的五员环部分和嘧啶碱基的5位上。因为前者含有7-位氮原子,也具有成氢键能力,参与核酸高级结构的形成,对它进行结构改造同样会对催化活性带来很大的影响。我们用7-去氮脱氧腺苷分别替换脱氧核酶催化区域的A5、A9、A11、A12和A15等天然核苷,合成了5条修饰脱氧核酶,结果表明7-位氮原子确实在催化活性中发挥重要的作用,而当7-位氮原子迁移到8-位时,在A5、A9、A11,A12、A15、G1、G2、G6和G14进行替换,合成了9条修饰脱氧核酶,其中在A9和G14的替换表现出更好的活性。在此基础上,我们在8-氮杂-7-去氮脱氧腺苷的7-位引入氨基、羟基和苯基等功能基,对原型脱氧核酶的结构进行进一步修饰,得到更加高效的脱氧核酶,在合成的12条修饰脱氧核酶中,有4条脱氧核酶在A9表现出高效的切割活性,其中LKDZ21比原型10-23脱氧核酶的切割速率提高11倍,LKDZ14提高6.3倍。对修饰脱氧核酶的催化机制进行研究表明,它们和原型脱氧核酶具有相似的催化机制。这是首次在催化结构域通过化学修饰获得催化速率的提高,这个成功的实例表明10-23催化结构域具有进一步优化的空间:在催化区域的A9位和G14位是两个可以进一步进行化学修饰的位点,并获得了修饰的核苷类似物先导结构。在对两个dT位点的修饰中,我们合成了6条修饰脱氧核酶,实验表明也具有进一步优化的潜力。我们的研究成果为发现更多更加高效的脱氧核酶,为加快脱氧核酶在生物医药领域的应用提供一条思路。在修饰单体的合成中,我们一共应用了9个修饰的亚磷酰胺单体,并合成了一系列14-mer的短序列验证正交保护策略和修饰单体的合成效率。此外,我们考察了这些短序列的理化性质、热稳定性和序列的合成与纯化条件,为脱氧核酶的合成与活性评价实验提供参考。我们的研究成果证明了核酸作为催化剂,它的潜力还有待进一步开发,通过化学修饰和体外筛选技术的进步,可能会发现与蛋白酶活性相当的催化性核酸。
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