未来五年将是我国全面建成小康社会的决胜阶段,在最新的“十三五”规划纲要二十篇中,与“十二五”规划的十六篇相比,专门开辟了第二篇详细论述实施创新驱动发展的战略。可以看出,我国在未来的时间里经济科技的健康有序发展必须要寻找到新的动能,而保障其行稳致远,良性运行的新动力机制之一就是供给侧的结构性改革和创新,而在其中必然要通过创新驱动发展,这个创新不仅是科技的创新,还包括资源配置以及制度上的创新。另一方面,在当今全球化经济加速推进的背景下,世界生产活动的分工逐渐由国家转向区域,故以行政地区为划分依据的区域经济的表现逐渐受到人们的高度重视。而在一个地区的经济发展状况上,很大程度上取决于该区域的创新发展水平,其中创新资源又是区域创新驱动发展战略的必备物质条件,其配置的合理性直接影响创新效率。由于我国区域经济发展水平差距较大,区域间的创新能力也存在较大的差异性,这就要求各区域必须根据自身条件构建科学合理的创新资源配置系统,以加快推进创新驱动发展战略。在上述宏观背景下,本文从区域创新资源配置系统的理论渊源出发,基于结构-运行-效率(SCP)之间的相互作用关系,深入揭示区域创新资源配置能力实现的内在机理,分析和比较区域创新系统结构差异化对区域创新资源配置的运行机理和效率水平的影响。在具体内容和研究方法上,本文可分解为以下几个方面：(1)对区域创新资源配置系统相关的理论基础进行了总结和梳理,重点是对系统、演化经济、演化博弈、资源配置效率、区域创新体系等相关理论进行了回顾,并进行了简短的评析。紧接着对创新资源、区域创新资源配置系统的相关概念进行了辨析,并搭建了以结构—运行—效率为总线的研究框架；(2)对中国各区域的创新资源配置现状作了系统、全面的分析,包括中国创新资源投入总体规模、区域分布的演变及比较,中国创新资源配置环境的演变及比较,并基于此揭示了中国区域创新资源配置过程中的主要问题；(3)构建了区域创新资源配置系统的整体结构,然后依次分析区域创新资源配置主体、配置客体和配置载体子系统,并基于系统论,揭示子系统内部与子系统之间的有机联系,基于政府、企业等不同创新资源配置主体,深入分析区域创新资源配置系统的结构差异；(4)应用演化博弈方法,构建区域创新资源配置系统的演化机理模型,分析区域创新资源配置系统内各主体之间博弈的均衡点和稳定性,借用数值实验的研究方法对不同配置主体驱动下的区域创新资源配置系统进行差异化分析；(5)从质和量两个方面构建区域创新资源配置绩效差异的评价体系,运用因子分析方法及DEA-CCR模型实证了区域创新资源配置绩效及差异性分析,并基于DEA评价结果及面板Tobit回归模型追溯了影响区域创新资源配置绩效及差异性的原因。最后,本文从优化区域创新资源配置的投入与产出(客体)、引导区域创新资源配置系统向更高级结构的有序演化(主体)、完善创新资源配置系统的环境(载体)等角度得出以下结论及政策建议：(1)在区域创新资源配置系统中,直接投入的创新人力、物力及财力资源是影响区域创新资源配置的最为关键的因素,而同时应积极缩小区域创新资源配置绩效差距,保持创新要素的合理流动,实现各省域创新资源配置的可持续发展;(2)区域创新资源配置系统是一个复杂系统,应积极引导区域创新资源配置系统向更高层级结构有序演化,强化企业在创新资源配置系统中的主体地位,提高政府相关政策的适配性,保持区域创新资源配置系统资源的有效流动,以此降低区域创新资源配置系统的资源熵；(3)实现区域创新资源配置系统的优化,必须完善各省级区域的创新资源配置环境。其中排除泡沫经济干扰,维护公平公正的同时应完善知识产权保护与创新成果转化机制,并针对不同的行业及技术领域设计不同的制度,构建多种形式的创新资源配置服务平台。