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本实验以我国内蒙古、新疆、青海、云南和西藏以及蒙古国地区牧民家庭以传统方法酿制乳制品中分离出的乳杆菌为研究对象,采用测定hsp60基因、pheS基因和tuf基因部分序列的方法对其进行分类研究。实验中根据不同采样地区,不同种属选取了具有代表性的234株乳杆菌,先前的生理生化实验和16S rDNA测序实验已将其初步归类为L. plantarum、L. casei和L. helveticus,本研究将其称为L. plantarum族,L.casei族和L. helveticus族。进一步扩增供试菌株hsp60基因、pheS基因和tuf基因部分序列,并测定其序列,再利用软件对序列进行分析比对确定其归属。所有序列进行BLAST比对后利用DNAMAN软件计算菌株间同源性。结果表明,基于tuf基因,L. casei族,L. helveticus族和L. plantarum族的种间同源性分别为92.2%-95.3%,88.1%-98.8%和97.4%-98.3%。L. casei,L. helveticus和L. plantarum的种内同源性分别为99.3-100.0%,98.4%-100.0%和99.1%-100.0%。基于hsp60基因L. casei族,L. helveticus族和L. plantarum族的种间同源性分别为86.0%-98.2%,86.3%-96.3%和93.3%-95.7%。种内同源性分别为98.4%-100.0%、99.2%-100.0%和98.8%-100.0%。基于pheS基因L. casei族,L. helveticus族和L. plantarum族的种间相似性分别为70.5%-93.3%,82.2%-90.1%和82.2%-95.2%,其种内的相似性分别为99.1%-100.0%,99.1%-100.0%和99.3%-100.0%。将tuf,hsp60和pheS基因的序列采用软件Mega4.0的UPGMA法构建系统发育树,结合同源性矩阵与系统发育树,把234株乳杆菌准确的鉴定为L. helveticus(113株),L. plantarum(58株),L. casei(63株),表明这三种基因较适用于乳杆菌的分类研究。进一步比较三种基因与先前测得的16S rDNA构建的发育树表明在亲缘关系较近的乳杆菌分类鉴定中,hsp60基因、pheS基因和tuf基因的区分能力明显优于16S rDNA序列。