改革开放四十年来,中国的经济实现了腾飞,但经济飞速发展的背后,是依靠生产性要素的巨大投入,伴随着人口红利的消失和资源的衰竭,中国必然面临着经济发展的转型。但自十九大提出要提高全要素生产率至今,关于研发投入与全要素生产率的关系研究仍没有明确的定论,很多基于中国的实证研究显示,相关活动并未能够达到预期的效果,对此,有必要对两者之间的关系进行深度挖掘。理论分析表明,研发投入与企业全要素之间的关系很可能受外部因素的影响,来自市场和政府的影响都会让这个关系出现结构性突变,也就是说可能存在门槛效应,为验证这个假设,以2013年-2019年期间,国内制造行业在A股上市且持续经营的公司数据为样本,构建了相关模型,通过GMM回归和门槛面板回归结果的分析,得出了以下结论:第一,研发投入所占用的资本资源对全要素生产率带来的负面影响可能大于其带来的正面影响,只有当研发投入真正转化为专利产出时,其对全要素生产率水平的积极作用才显现。第二,市场化程度和政府补助对研发投入和企业全要素生产率关系产生的调节效应不同,市场化显示了正向的调节效应,政府补助显示了负向的调节作用。第三,进一步检验确定存在单门槛效应,只有当市场化程度超过阈值时,研发投入才能显著促进企业全要素生产率的提高,政府补助则相反,当超过阈值时,研发投入并未能够提升企业全要素生产率,反而会产生抑制作用,只有在阈值内才能显示出明显的促进效应。总体而言,企业应该加大研发投入,同时注意研发的产出率,根据企业自身内部情况,合理选择研发方向;政府应该因地制宜,改善当地要素市场的发育情况,推进营商环境的优化,而非简单地激励企业进行研发,政府补助应该控制在一定区间内,要注意发挥市场在竞争和资源配置中的主要作用。