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动物口腔中聚居着大量的微生物,正常情况下微生物与寄主处于动态平衡,以维持寄主的健康和生理功能。因此,了解动物口腔微生物群落结构有助于认识和理解动物的生态适应性。本研究采用非损伤性取样法收集了栖息于安徽黄山鱼鳞坑YAl群体的19只短尾猴的口腔微生物样本,利用改进高盐提取法提取微生物DNA,通过Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3—V4区扩增产物进行双端测序,以获得口腔微生物分类学信息。研究共获得206533条优质序列,按照97%的相似度,共有4685个OTUs,它们归属于20个门、32个纲、67个目、127个科和310个属。主要结果如下：(1)短尾猴口腔微生物主要以变形菌门(Proteobacteria,占总条带44.58%)、厚壁菌门(Firmicutes,30.28%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,12.27%)、梭杆菌门(Fusobacteria,7.72%)和放线菌门(Actinobacteria,3.70%)为主；属水平上,以链球菌属(Streptococcus,19.50%)、奈瑟氏菌属(Neisseria,11.04%),梭菌属(Fusobacterium,4.53%)和放线杆菌属(Actinobacillus,4.27%)常见。(2)短尾猴口腔微生物多样性指数：Simpson指数(0.09±0.07)、Shannon指数(3.60±0.66)表明,短尾猴口腔微生物有较高的物种多样性水平；短尾猴口腔微生物物种组成呈低丰富度微生物属多样的特征：90%的微生物属丰富度小于0.1%。外部环境影响口腔生态系统,进而影响口腔微生物组成。短尾猴口腔微生物的这种分布特征可能与其复杂的栖息环境相关：黄山野生猴谷动植物资源丰富,且作为重要的旅游资源受人为因素干扰大。(3)口腔微生物中有24个微生物属在所有样本中均有分布,为其核心微生物。主要的核心微生物属有：链球菌属(Streptococcus,19.50%),奈瑟氏菌属(Neisseria,11.04%),梭菌属(Fusobacterium,4.53%),放线杆菌属(Neisseria, 4.27%),卟啉单胞菌属(Porphyromonas,3.74%),颗粒链球菌属(Granulicatella, 3.51%),孪生球菌属(Gemella,3.35%), Alloprevotella (2.95%),巴斯德菌属(Pasteurella,2.48%),罗氏菌属(Rothia,2.52%),普氏菌属(Prevotella,2.13%),纤毛菌属(Leptotrichia,2.13%),噬二氧化碳纤维菌属(Capnocytophaga,1.54%),莫拉克斯氏菌属(Moraxella,1.17%)等。比较发现不同物种的口腔核心微生物存在差异,可能是口腔微生物受内部因素(如：寄主的系统发育、遗传结构、生理特征等)影响的结果。(4)短尾猴口腔中有大量与口腔疾病(如牙周炎、龋齿、牙周病等)相关的微生物：如链球菌属(Streptococcus)、奈瑟球菌属(Neisseria)、放线杆菌属(Neisseria)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)和密螺旋体(Treponema)等,可能威胁短尾猴健康；同时,还有多种低丰富度的潜在病原菌,部分为人类与非人灵长类共患疾病病原菌,主要包括：弯曲杆菌(Campylobacter,0.27%)、分支杆菌(Mycobacterium,<0.01％)、耶尔森氏鼠疫杆菌(Yersinia,<0.01%)、假单胞菌(Pseudomonas,0.07%)和志贺氏杆菌(Shigella,<0.01％),因此在短尾猴生态旅游管理中应注意人畜共患疾病的传播。(5)通过比较短尾猴成年组与亚成年组的口腔微生物多样性发现：亚成年组有更高的多样性水平。与年龄具有相关性的口腔核心微生物有：二氧化碳噬纤维菌属(Capnocytophaga)(r=-0.546,p=0.016),Abiotrophia(r=-0.461,p=0.047),棒状杆菌属(Corynebacterium)(r=-0.500,p=0.029)和艾肯菌属(Eikenella) (r=-0.52,p=0.022)。野生动物如何维持自身健康是人类好奇而又缺乏了解的科学问题。本研究通过检测短尾猴口腔微生物,主要分析了其群落结构的主要门、属和核心微生物,阐明了口腔微生物与其栖息环境、个体发育和疾病发生的可能关系,为揭示短尾猴的生态适应性提供了科学依据,也为短尾猴生态旅游风险评估提供了基础数据。