精子发生是一个高度有序的细胞分化过程,由精原干细胞的增殖分化、精母细胞的减数分裂和精子形成三个阶段组成。基本的自噬是维持细胞内稳态的一个过程,在精子发生过程中起重要调控作用,然而自噬在精子发生过程中的潜在机制却知之甚少,在很大程度上是未知的。为了更系统地研究自噬在精子发生过程中的功能,基于本组小鼠精子发生6个时期的RNA测序数据集(原始精原A型细胞,精原B型细胞,前细线期精母细胞,粗线期精母细胞,圆形精子,长形精子),在全转录组水平上探索了小鼠自噬相关基因在精子发生6个时期的动态表达。根据代谢通路富集分析、自组织映射算法以及GSEA分析,我们的结果显示自噬相关基因的表达在前细线期精母细胞和粗线期精母细胞之间存在显著差异,表明自噬在精子发生减数分裂起始前后的RNA水平发生了显著的变化。发现自噬相关基因在精子发生过程中有4种主要的表达模式,即为在(原始精原A型细胞、精原B型细胞和前细线期精母细胞)、粗线期精母细胞、圆形精子、长形精子中为阶段特异表达,推测自噬在精子发生过程中发挥重要调控作用,并且不同的自噬相关基因在精子发生的各个阶段发挥不一样的自噬调控功能。为了更精准地研究自噬在精子发生过程中的动态变化并识别精子发生过程中的关键自噬基因,我们结合文献和自噬数据库挑选了 59个相对重要的自噬基因。利用时间序列分析工具STEM挖掘相对重要的自噬相关基因在精子发生中有3种显著表达模式,共有27个相对重要的自噬相关基因在精子发生过程中表现出显著的表达模式,分别可能在精原干细胞的自我更新、减数分裂起始和精子发生后期起自噬调控作用,表明这些相对重要的自噬相关基因可能是精子发生过程中的重要因子。其中有5个基因还是精子发生功能基因,这5个基因可能在精子发生过程中发挥重要自噬调控作用。为了识别潜在的新的自噬相关基因,通过构建共表达网络来预测可能与27个相对重要的自噬相关基因共表达的一些基因,筛选出和多个相对重要的自噬相关基因共表达的基因,可能是新的自噬相关基因。