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金针菇（Flammulina velutipes）是世界上著名的食药用真菌之一，具有较高的营养价值和药用价值。金针菇是我国工厂化生产程度较高的食用菌，也是工厂化生产规模和产量最高的食用菌种类。但我国金针菇生产用种品种单一，且多为国外引种的品种。金针菇种质资源丰富，利用现有种质资源选育具有我国自主知识产权的优良菌株，是当前金针菇育种工作面临的重要而急迫的任务。金针菇重要农艺性状多为数量性状，通过常规育种方法进行改良，不仅耗时长，且不易得到稳定的表型。目前金针菇数量性状定位（QTL）工作仍处在初级阶段，运用连锁不平衡为基础的关联分析方法，为应用分子标记进行金针菇农艺性状遗传改良提供了新的思路。 本课题以金针菇39个菌株（8个野生菌株和31个栽培菌株）为试验材料，对供试菌株农艺性状进行统计分析，利用SSR标记进行了群体基因型分型，对供试群体进行遗传多样性和群体结构分析；并开展了11个农艺性状与简单序列重复（SSR）标记的关联分析。 1.采用多态性SSR分子标记对39个菌株进行了遗传多样性和群体结构分析。结果表明，54对SSR引物共扩增出220条带，每对引物平均检测到差异片段4.07个，单个引物检测到差异片段变幅为2-8个。标记的基因多样性H、shannon信息指数I以及多态性信息含量PIC，平均值分别为0.42、0.79和0.38，表明供试群体具有较高的遗传多样性。依据群体结构分析结果，供试群体分为Q1和Q2两个亚群，两个亚群间单瓶产量、菌柄长度、菌盖直径/菌柄长度呈极显著差异，菌柄直径/菌柄长度呈显著差异，Q2的遗传多样性参数极显著高于Q1。 2.连锁不平衡分析结果表明，54个SSR标记位点组成的1431个位点组合中，基于r2统计概率P＜0.05支持的不平衡成对位点数目为665个，占总位点组合数的58.28％；统计概率P＜0.01支持的不平衡成对位点数目为472个，占总位点组合数的41.37%。在显著连锁不平衡组合中，65.56%的位点组合r2<0.1，25.11%的位点组合的r2处于0.1~0.2之间，表明群体连锁不平衡水平较低，且染色体内部、染色体间的LD水平相当，无显著差异。 3.采用Tassel2.1软件中的一般线性模型（GLM）对SSR标记位点与11个农艺性状进行关联分析，共检测到6个SSR标记与4个性状显著关联。FV-C2-12和FV-C10-51两个标记与单瓶产量显著关联，表型变异解释率分别为14.28%和20.45%；标记 FV-C7-57与出菇期极显著关联，表型变异解释率为46.97%；有两个标记（FV-C4-70和 FV-C10-91）与菌盖直径/菌柄直径关联，表型变异解释率分别为31.76%和27.54%；有1个标记（FV-C10-130）与菌柄直径/菌柄长度显著关联，表型变异解释率为22.12%。 4.分析了与性状显著关联位点的优异等位变异，并挖掘相关性状的典型材料，共检测出12个控制4个农艺性状的优异等位变异，获得了10个优异等位变异的载体菌株。