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RNA介导的基因沉默在真核生物的基因表达调控中发挥重要作用,而RNA介导的DNA甲基化（RdDM）途径是植物介导DNA重复序列与转座子沉默,维持基因组稳定的重要机制。在拟南芥中,包含SET结构域的SU（VAR）3-9同源蛋白SUVH2与SUVH9是RdDM途径的重要组分,但具体的作用机制还不清楚。在利用质谱分析SUVH2和SUVH9 （SUVH2/9）的互作蛋白时,我们发现SUVH2/9与RdDM途径中的DDR蛋白复合体（包括DRD1、DMS3与RDM1）相互作用。利用酵母双杂交,以及体内蛋白免疫共沉淀（co-IP）与凝胶阻滞实验,我们进一步证实了SUVH2/9与DDR蛋白复合体的相互作用。通过SUVH2/9结构域截短片段与DMS3结合实验的分析,表明SET结构域的缺失并不影响SUVH2/9与DDR蛋白复合体的互作。另外SET结构域保守位点的定点突变,也并不影响SUVH2在RdDM途径中的作用。这说明SUVH2/9在体内可能并不具备组蛋白甲基转移酶活性。之前的研究表明,DDR蛋白复合体能够在全基因组范围内介导RNA聚合酶pol V与染色质的结合。通过染色质免疫沉淀的方法,我们发现在suvh2suvh9突变体中,DDR蛋白复合体和pol V与染色质的结合都有显著的下降,这说明SUVH2和SUVH9通过促进DDR蛋白复合体与染色质结合,介导pol V在染色体上的招募过程,进而参与RdDM途径。MORC家族蛋白中的MORC1与MORC6通过改变染色质的构象介导转录水平的基因沉默,其功能不依赖于相关位点的DNA甲基化或组蛋白修饰的改变。通过蛋白复合体的质谱分析、酵母双杂交以及体内蛋白免疫共沉淀实验,我们发现MORC6与MORC1及MORC2形成异源二聚体,并且能够与SUVH2及SUVH9相互作用。对morc6与suvh2suvh9进行全基因组甲基化测序分析,结果表明MORC6参与了一小部分RdDM位点DNA甲基化的形成过程。针对morc6与suvh2suvh9的RNA深度测序,结果表明在suvh2suvh9中转录特异上调的大部分位点,DNA甲基化水平相对于野生型有明显下降,而在suvh2suvh9与morc6中转录共同上调的位点,DNA甲基化水平都与野生型相当,这说明SUVH2/9除了参与RdDM途径,还通过与MORC家族蛋白以不改变DNA甲基化的其它途径参与了转录水平的基因沉默。通过荧光素酶互补以及蛋白免疫共沉淀实验,我们证明MORC6能与RdDM途径中重要组分IDN2以及SWI/SNF类型染色质重塑因子相互作用。此外,利用RT-PCR,我们发现IDN2与SW13D也参与了MORC6作用位点的基因沉默过程。这些结果暗示MORC6在调控染色质结构过程中需要SUVH2/9、1DN2和SWI/SNF类型染色质重塑因子的参与。以上结果表明,不具备组蛋白甲基转移酶活性的SUVH2/9,通过结合DDR蛋白复合体负责pol V在染色质上的招募,从而参与了RdDM途径和转录水平基因沉默。此外,SUVH2/9还通过与MORC蛋白家族的相互作用,参与了MORC1/6介导的依赖于染色质结构调控的转录水平基因沉默过程。