随着集约化畜禽养殖的迅猛发展，由于养殖业及其产生的畜禽粪便导致的环境问题也日益突出。此外，由于抗生素在畜禽养殖上的大量使用，抗生素残留及抗生素抗性细菌可能通过粪肥进入环境。因此，有关粪肥农用风险的评价已经成为当前国内外研究的热点之一。 首先，对江苏省海安县境内3个集约化养殖场进行了环境影响调查，结果表明，养殖场畜禽粪便污染引起的病原菌和抗生素抗性菌迁移扩散，可能造成下游饮用水和灌溉用水的污染，同时也可能污染地下水，危害饮用水及食品安全。 其次，以长期粪肥农用的风险评价为目的，对长期施用两种粪肥导致的四环素抗性细菌在两种土壤(沿江潮土和沿海潮土)中的分布和由此产生的细菌抗生素抗性谱的变化情况进行了研究。长期施用粪肥增加了土壤中的四环素抗性细菌数量及抗性细菌占可培养细菌总数的百分比，而且有随土壤深度的增加(从0～5cm到5～10cm和10～20cm)呈纵向逐渐增加的趋势，两种供试土壤的抗性细菌数量、比例都有明显差别。 再次，通过小区模拟试验分析粪肥农用后大肠杆菌、粪大肠杆菌、沙门氏菌消长规律及在土壤中分布情况和四环素抗性细菌数量、占可培养细菌比例变化情况及分布情况。随粪肥负荷的增加，三个试验小区表层土壤中大肠杆菌、粪大肠杆菌、沙门氏菌的数量有增加的趋势。随土壤深度的增加，大肠菌群、粪大肠菌群的数量均逐渐减少；沿江潮土粪肥农用沙门氏菌空间分布基本无差异，沿海潮土则显著减少。随粪肥农用负荷的增加，四环素抗性细菌数量、比例呈逐渐增加趋势。随土壤深度增加，粪肥农用一周后土壤中四环素抗性细菌占可培养细菌比例呈减小趋势，而一个月和三个月后沿江潮土呈增加趋势，沿海潮土则为先增加再减少的趋势。 最后，采用药敏纸片法说明长期粪肥农用显著增加了多种抗生素敏感细菌的百分比，给土壤生态环境造成了潜在风险。