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目前诊断透明细胞肉瘤主要依据免疫组织化学中S-100及HMB45蛋白的表达情况,除此之外尚无特异性和敏感性较高的指标,尤其是非典型透明细胞肉瘤常与其他的软组织肿瘤难以相鉴别。染色体易位t（12,22）（q13,q12）及其导致的EWS基因和ATF1基因发生融合是透明细胞肉瘤的分子遗传学特征。检测EWS-ATF1融合基因及其不同的融合位点有助于透明细胞肉瘤的诊断和判断预后。有关透明细胞肉瘤的组织起源至今仍有争议,2002年WHO新版《软组织肿瘤分类》中其仍被归为“分类不确定的恶性肿瘤”。长期以来有关组织起源存在两种观点即起源于滑膜或神经嵴。本研究旨在探讨于透明细胞肉瘤石蜡包埋组织中检测EWS-ATF1融合基因的可行性及EWS-ATF1融合基因表达在透明细胞肉瘤诊断中的意义。通过TA克隆测序分析融合基因EWS-ATF1不同的融合位点与临床预后之间的关系。并且,通过逆转录酶聚合酶链反应（RT-PCR）及免疫组织化学染色检测小眼畸形相关转录因子（MITF）mRNA及MITF蛋白的表达来探讨透明细胞肉瘤的组织发生与起源。收集确诊为透明细胞肉瘤的26例福尔马林固定石蜡包埋组织标本,5例组织库保存的冰冻新鲜组织标本,另外收集非透明细胞肉瘤标本20例,均为石蜡包埋标本,包括尤文氏肉瘤6例,原始神经外胚层瘤5例,腺泡状软组织肉瘤2例,恶性黑色素瘤2例,滑膜肉瘤5例。所有标本均有HE染色切片,全部经2名以上病理专家复读确诊;过氧化物酶染色（SP）方法对26例透明细胞肉瘤石蜡组织标本进行免疫组化染色,检测S-100、HMB-45蛋白的表达。选取其中24例石蜡组织标本用SP方法检测MITF蛋白的表达。5例冰冻组织标本进行透射电镜切片制作;从石蜡包埋组织及冰冻新鲜组织标本中提取RNA,β-肌动蛋白、β2-微球蛋白及GAPDH作为内参照,用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和巢式PCR检测EWS-ATF1融合基因的表达;RT-PCR方法检测5例冰冻组织标本MITF基因mRNA的表达;对PCR产物进行TA克隆测序;透射电镜:5例冰冻透明细胞肉瘤标本经戊二醛固定,锇酸后固定,脱水,环氧树脂包埋,高温聚合,作超薄切片,电镜下观察透明细胞肉瘤的超微结构。研究结果:26例福尔马林固定石蜡包埋组织标本检测到22例β-肌动蛋白阳性,24例β2微球蛋白阳性,其中20例EWS-ATF1融合基因阳性,16例为EWS-ATF1Ⅰ型,4例为EWS-ATF1Ⅲ型,余4例EWS-ATF1融合基因阴性。对照组均未检测到EWS-ATF1融合基因的表达。26例透明细胞肉瘤石蜡组织标本中S-100及HMB-45的总阳性率分别为79.2%、70.8%;4例透明细胞肉瘤冰冻组织标本可检测到GAPDH mRNA表达,余1例阴性;100%（4/4）检测到MITF mRNA表达。所选取的24例CCS石蜡组织标本中MITF总阳性率为83.3%（20/24）;电镜结果:大部分病例存在不同发育阶段的黑色素小体,并可见数量不等的胞质内糖原、肿胀的线粒体和基底膜。结论:在透明细胞肉瘤石蜡包埋组织中运用RT-PCR检测EWS-ATF1融合基因是可行的;融合基因EWS-ATF1的表达可作为除免疫组化外的一辅助诊断和鉴别诊断有力工具;透明细胞肉瘤中MITF在基因和蛋白水平的高表达,表明其在很大程度上向黑色素细胞分化。由此可推测透明细胞肉瘤最大可能起源于神经嵴、发生于肌腱、腱膜的一种特殊类型的恶性肿瘤。