高等院校肩负着培养高素质人才、进行科学研究、提供社会服务的重任。国家把教育科研看作是国家战略，越来越多的财政拨款以专项资金的形式划拨到高等院校，帮助高等学校扩大办学规模，提高教学水平，支持重点学科和科研平台的建设，高等教育支出成为政府财政支出的重要组成部分。但是高校专项资金的使用依然存在浪费挤占挪用、分配不合理、使用效率低下的状况，为了加强对高校教育科研拨款使用的监督，促进资源的有效配置，急需对高校专项资金开展绩效审计。　　本文采用理论研究和案例分析结合的方法，探讨绩效审计在高等学校专项资金审计工作中的运用。在总结国内外理论研究成果的基础上，结合高校运行管理的特点，概述高校专项资金绩效审计理论。然后总结高校专项资金绩效审计的现状，围绕高校专项资金绩效审计还没有成熟的绩效审计操作模式作为指导，没有将绩效审计的思想融入到审计工作中的现状，本文总结设计出适合高校开展专项资金绩效审计的组织方式和流程，考虑到目前财务审计和绩效审计并重、结合发展的现实，在对审计具体步骤中融入绩效审计的特点，试图使绩效审计思想贯穿整个审计过程。最后以某高校科研专项为例，根据设计的专项资金绩效审计组织方式和审计流程进行案例分析，以探讨流程设计的有效性和实用性。