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目的：通过较大样本量的肝胆管结石病人和正常人群的基因测序分析，检测ABCB4和ABCB11基因变异与原发性肝胆管结石发病间的相关性。方法：对176例原发性肝胆管结石患者和178例健康人群行ABCB4和ABCB11基因全外显子测序。结果：本研究通过对176例原发性肝胆管结石患者和178例健康人群进行ABCB4和ABCB11基因全外显子测序分析，发现在ABCB4基因中存在两个新的变异位点(No.22677和No.69233)且与原发性肝胆管结石的发病相关(P<0.001，P<0.001)。错义突变No.22677位于第6号外显子，在20例病人样本中被检测出，阳性率为11.4%。同义突变No.69233位于第26号外显子，在23例病人样本中被检测到，阳性率为13.0%，虽然此位点的变异未改变蛋白的表达水平，结合临床资料分析与原发性肝胆管结石病的复发存在明显相关性(P=0.01)。在正常人群中未发现以上两位点的变异。另外，本研究还发现原发性肝胆管结石患者ABCB11基因中存在三个变异位点(rs118109635，rs497692和rs497616)均与原发性肝胆管结石发病相关(p=0.04, p=0.02，P=0.01)。其中错义突变rs118109635在ABCB11基因第21号外显子上，且此位点的变异明显增加了其编码蛋白的表达水平(p=0.032)，另外两个同义突变(rs497692和rs497616)分别位于第24及第9号外显子上。位点rs497692的变异降低了ABCB11基因编码蛋白的表达水平(p=0.001)。两个位点(rs118109635和rs497692)变异均与原发性肝胆管结石患者的术前血清黄疸水平相关(p=0.00, p=0.03)。位点rs118109635的变异与谷氨酰转肽酶(GGT)、碱性磷酸酶(ALP)及直接胆红素(DBIL)的变化明显相关(P=0.02，P=0.046，P=0.02)，而位点rs497692的变异与球蛋白的水平明显相关(P=0.002)。结论：ABCB4和ABCB11基因变异可能参与了原发性肝胆管结石的发病。