基于聚丙烯酰胺微球的核酸分子等温扩增检测

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聚丙烯酰胺(Polyacrylamide,PAA)材料是一种网状高分子材料,具有成本低廉、制备简单、化学性质稳定等特点。滚环扩增(Rolling Circle Amplification,RCA)技术是一种不需借助高温循环仪即可实现扩增的等温核酸扩增技术,具有效率高、灵敏度高、特异性强的优势。本研究将聚丙烯酰胺(PAA)材料与滚环扩增(RCA)技术的优势相结合,建立了一种以PAA微球(beads)为基底的固相RCA检测核酸分子的新方法。整个检测体系需针对靶分子设计并合成捕获探针和滚环引物,捕获探针的5’端采用丙烯酰胺修饰。检测流程主要分为四个步骤:(1)探针固定:通过聚合交联法将5’端丙烯酰胺修饰的探针固定在微球上;(2)杂交捕获:将靶分子和特异性滚环引物通过恒温杂交捕获在微球上;(3)滚环扩增:将微球加入固相RCA反应体系,进行RCA反应;(4)结果显示:分别采用Gel Red染色荧光法、近红外荧光法和直接显色法三种方法得出检测结果。本实验通过对靶标分子、模拟转基因样品的人工靶和转基因植物样品的检测,证明了这一固相RCA检测体系的可行性。实验结果表明:与化学交联法及紫外交联法相比,聚合交联法固定捕获探针的效果较好,微球上固定探针的最适浓度为0.25μM。针对转基因植物样品的检测,设计了4种捕获探针。NOS1探针捕获靶分子的效果最好,该探针采用Gel Red染色荧光法显示结果时,检测阈值在0.008μM~0.04μM之间;采用近红外荧光法显示结果时,检测阈值在305 pM~610 pM之间。本论文共检测32份转基因植物样品,检测结果与qPCR结果的一致率为90.6%。综上,本研究成功地建立了一种以PAA微球为基底的固相RCA检测体系,该方法具有低成本、操作简便、高灵敏度、易于实现靶分子从混合样中分离等优势,为核酸分子的检测提供了一种新的手段。
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