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水是维持生态系统健康的重要组成部分,随着城镇化、工业化的迅速发展以及人口剧增,水资源短缺问题日益突出,不合理的取用水方式造成河流生态需水不足,生态系统退化。现有的水资源短缺评价方法大多侧重于人类社会用水的评价,忽略了生态需水部分。对河流生态需水量进行核算,并考虑生态需水进行流域水资源短缺评价对于流域生态系统保护与流域水资源综合管理利用具有重要意义。本文以位于我国干旱半干旱区的内蒙古黄旗海流域为研究对象,构建适用于黄旗海流域的APEX模型,模拟流域水文过程；运用Tennant方法估算不同栖息地质量水平下的河流生态需水量；综合考虑水质、水量及河流生态需水情况,评价黄旗海流域水资源短缺状况。研究结果表明：(1)APEX模型在黄旗海流域应用效果较好,可以用于流域水文过程模拟和河流生态需水研究：校准期和验证期的径流量和产沙量各项评价指标Ens值在0.43到0.75之间,R2值在0.52到0.81之间,APE值小于20%。(2)近30年来黄旗海流域河流径流量年际间变化大,总体呈下降趋势：黄旗海流域径流量存在时空分布不均的现象,4-9月的产流量占全年河流径流总量的90%以上,且北边两条主要河流径流量是其他河流的10倍以上。黄旗海流域河流栖息地维持在“好”的质量水平时,流域河流生态需水量占其多年平均蓝水资源总量的26%。(3)黄旗海流域同时面临着水质型缺水和水量型缺水问题,且年内水资源表现出不可持续现象：流域多年平均蓝水资源总量为1.44亿m3／a,蓝水足迹占流域蓝水资源总量的94%；而灰水足迹则高达20亿m3/a,约是流域水资源总量的14倍；维持河流栖息地质量水平在“好”的水平时,综合考虑水量与水质与河流生态需水黄旗海流域的缺水指标数值高达15.5,且同时存在水量型和水质型缺水问题。此外,黄旗海流域5月、6月、7月的蓝水足迹大于流域水资源总量,呈现出年内水资源不可持续利用的现象。黄旗海流域属于典型的同时存在水量型和水质型缺水的内陆流域。因此,在进行流域水资源综合管理时,综合考虑水量、水质及生态需水问题,实施最严格水资源管理制度,发展节水农业,减少污染物排放,加强污染治理,从而缓解当地水资源短缺压力并实现水资源可持续利用。