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蛋白质组学研究在功能基因组时代发挥着越来越重要的作用。双向电泳是其中的关键技术之一。龙眼是无患子科植物中最名贵的水果之一。焦核龙眼是龙眼中的珍稀品种,但其无核率的不稳定性严重影响了该品种的推广种植和经济效益。至今对龙眼焦核机理的研究尚停留在形态解剖和生理生化的研究上,而对龙眼焦核分子机理的研究还有待深入。本研究改进和优化了龙眼种子蛋白质的提取方法及电泳条件,得到了高分辨率和高重复性的双向电泳图谱,在龙眼种子双向电泳图谱上检测到1000个多个蛋白点。重复样品图谱间的相关系数在0.88和0.945之间。采用比较蛋白质组学技术分析了三个不同时期龙眼正常种子和败育种子的蛋白质组之间的差异,共发现了43个差异蛋白点,其中21个蛋白点上调表达,20个蛋白点下调表达,2个蛋白点复杂变化。通过MALDI-TOF-TOF/MS鉴定及数据库检索,共鉴定出了其中的35个蛋白点,鉴定成功率为82%。对蛋白HSP70和cAPX进行Western Blot分析,进一步证实了HSP70和cAPX在龙眼种子败育中的差异表达。生物信息学分析表明它们隶属于8个功能类群。包括能量与物质代谢相关的蛋白(30%);植物细胞程序性死亡相关的蛋白(9%);抗氧化作用密切相关的蛋白(14%);分子伴侣(23%);次生代谢相关的蛋白(3%);参与氮代谢的蛋白(3%);细胞分化相关的蛋白(9%)以及其他蛋白(3%)。其中能量与代谢相关蛋白是下调表达的主要类群,说明败育的龙眼种子中的呼吸代谢途径受到高度的干扰;抗坏血酸过氧化物酶等蛋白的下调表达,降低了龙眼种子细胞的抗氧化功能,导致细胞内活性氧增加,这可能是龙眼种子败育的诱导因子之一;同时分子伴侣相关蛋白的下调表达使得败育的龙眼种子具有较低的蛋白质折叠和保护功能。而半胱氨酸蛋白酶的明显上调表达导致龙眼细胞程序性死亡可能是龙眼种子败育的关键事件。总之,本研究通过差异蛋白质组学研究不同时期龙眼正常种子和败育种子的蛋白质差异表达,首次报道了龙眼种子败育相关的一些重要功能蛋白质的表达特征的同时,也为进一步揭示龙眼种子败育的分子机制提供了重要的蛋白质水平信息。