分子设计是一门将理论化学与计算机实验相结合的科学.该论文的主要工作就是围绕着分子设计中的3D-QSAR展开的.3D-QSAR在未知受体结构的情况下是当今药物设计的主流方法.论文分为两大部分.第一部分,即第一章,主要描述了该论文所涉及的方法及其原理.包括三维定量构效关系(3D-QSAR)计算的方法和原理,具体讲述了CoMFA、CoMSIA、q<>2引导区域选择的CoMFA(q<2>-GRS)和q<2>引导构象选择的CoMFA等方法及其原理,几种构象搜索方法的算法,距离比较法(DISCO)方法和原理,还有虚拟活性结构生成法的原理.在第一部分工作的基础上,我们开展了第二部分的工作-3D-QSAR的研究和应用.论文的第二章主要对一组β-Carbolin系列化合物进行3D-QSAR研究,通过距离比较方法(DISCO),找到这组化合物的药效团,建立了较好的构效关系模型(R<2>>0.99).在模型的基础上,设计并预测了新的活性较高的化合物.论文的第三章,同样对63个Quinolone系列化合物进行了定量构效关系研究.利用DISCO方法寻找到这组化合物的药效团,构建得到良好的CoMFA模型(R<2>>0.99).另外,我们还采用新的虚拟活性结构生成法对Quinolone系列化合物进行了全新结构的设计工作,优选出几个活性较高的新化合物以待实验合成.论文接下来的几章,介绍了几种对CoMFA改进的3D-QSAR方法.首先介绍了CoMSIA方法.