石榴(Punica granatum L.)为千屈菜科(Lythraceae)石榴属(Punica)落叶灌木或小乔木,具有很高的观赏、药用和保健价值,产生了巨大的经济、生态和社会效益。石榴分布范围广,栽培时间长,在长期的自然选择和人为活动下产生了丰富多样的品种和类型,但由于石榴遗传背景复杂、亲缘关系模糊,难以通过形态特征进行准确的品种鉴定,限制了石榴的品种选育和产业发展。因此,加强石榴遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究,对于保障石榴品种鉴定、选育、保存和产业健康发展具有重要意义。本研究借助已发表的石榴全基因组序列信息,分析了石榴基因组SSRs序列特征,并开发合成了大量引物,在此基础上对枣庄市石榴国家林木种质资源库中收集的石榴种质进行了遗传多样性分析和指纹图谱构建,并依据指纹图谱信息对部分自由授粉子代进行了父本鉴定。主要研究结果如下:(1)筛选了适合石榴种质资源遗传分析的SSR引物库。基于石榴基因组序列开发SSR引物719对,并利用8份样品对其多态性及有效性进行了分析,从中挑选出了22对峰型好、多态性较高且稳定性较好的SSR引物。(2)明确了所收集石榴种质资源的遗传多样性信息。多态性分析结果显示,179份石榴种质样品经22对引物扩增后共检测到76个等位标记位点,其中多态性位点58个,多态性百分率为76.3%。平均Na为3.455,平均Ne为2.271,平均Ho为0.369,平均He为0.540,Shannon信息指数平均值为0.898,多态性信息含量(PIC)值介于0.326~0.690之间,平均值为0.462。(3)阐释了石榴种质资源的种群遗传结构特征。通过遗传距离分析可知,179份种质之间的遗传距离在0.013~0.831之间,平均值为0.404,说明石榴样品遗传多样性较为丰富。聚类分析显示,179份种质划分为3类且可以被22对引物完全区分开。种群结构分析表明,179份种质划分为4个种群。AMOVA分析表明,变异主要发生于种群内部。(4)构建了石榴种质资源指纹图谱。基于毛细管电泳谱带特征,以22对SSR引物,利用毛细管电泳数据为179份石榴种质构建了特异的指纹代码,建立了相关数据的二维码数据库,为未来种质保存及进一步开发利用提供了依据。(5)利用指纹图谱信息从2个自由授粉半同胞子代中鉴定出7株杂种植株。根据等位标记配置对比,从148份石榴实生子代中初步鉴定出1份‘秋艳’的自然杂种和6份‘会理青皮软籽’的自然杂种,自然杂交率分别为3.3%和5.1%。进而根据指纹图谱信息为其中4份鉴定出最似父本。本研究利用开发出的SSR分子标记对部分国内外石榴种质进行遗传多样性分析和指纹图谱构建,为进一步开展种质评价、育种群体构建和新品种选育奠定了基础。