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本研究采用传统的二次杂交筛选构建微卫星片段富集文库进行大黄鱼微卫星分离,人工冷休克和静水压法诱导大黄鱼雌核发育二倍体,利用AFLP和SSR标记技术对大黄鱼的养殖群体与野生群体的遗传多样性、人工雌核发育亲子代间的遗传关系进行了鉴定分析,并进行了大黄鱼和鮸鱼的属间杂交试验。结果表明:1、运用传统的二次杂交筛选构建微卫星片段富集文库分离大黄鱼微卫星标记,获得82(57.4%)个含有核心重复数大于7的微卫星序列,其中18条送GenBank(登陆号EU022002～EU022019)。设计合成的18对大黄鱼微卫星引物经PCR扩增筛选,获得13个多态性好的微卫星标记,多态性信息含量值(PIC)在0.452～O.915之间,平均为0.597。对大黄鱼遗传多样性研究表明,大黄鱼的养殖与野捕群体遗传多样性仍然比较丰富,但野捕群体具有更高的多态性,且预期杂合度(He)大于观测杂合度(Ho′)值,3个群体均出现了一定程度的近交现象。2、通过冷休克法和静水压法诱导2组大黄鱼雌核发育(G1、G2),获得了35.3%的孵化率和45日龄9.9%的成活率,冷休克诱导效果明显好于静水压法。AFLP分析表明家系G1的雌核发育成功率为100%,G2家系中雌核发育成功率为87.5%,两个家系平均雌核发育诱导成功率为93.75%。微卫星分析得到了与AFLP相同的结果。两家系后代的基因纯合率分别达87.5%和76.2%,平均为81.9%,而其对照组家系为0,雌核发育使基因的纯合率提高了81.9%。对亲子间遗传关系的分析表明了雌核发育个体之间的遗传差异最小,与雌亲的亲缘关系最近。研究还表明雌核发育是促进基因纯合的一个有效途径,AFLP和微卫星标记技术是鱼类雌核发育鉴定和遗传分析的有效方法。3、大黄鱼(♀)和鮸鱼(♂)属间杂交成功获得了56.25%的受精率、45.24%的孵化率和0.65%的鱼苗成活率。对杂交子代及其亲本的微卫星分析表明F1个体中未出现雄鱼特有位点;AFLP分析结果中,143条母本特异性条带中有132条出现在子代中,94条父本特异性条带中只有18条出现在子代中:F1个体与母本、父本间的遗传相似系数分别为0.853、0.271,与母本、父本间的遗传距离分别为0.159、1.307。表明杂交子代与母本大黄鱼之间具有极高的遗传同质性,属异精雌核发育个体。