课程设置作为人才培养教育教学体系中重要环节，是教育的基本构成，课程研究是教育研究中的基本领域。学生的贯通培养模式要求课程设置具有新的特征和侧重点。本文通过对国内设有生命科学类贯通培养的农林高校的培养方案的描述与总结，结合西北农林科技大学生命科学基地班课程设置的具体情况，理出当前生命科学贯通培养课程设置的主要问题是通识教育阶段与个性教育阶段的课程衔接不畅。通过对这种问题的理性分析，找到恰当的对策，以实现课程设置的合理性和科学性。从而在课程设置衔接这一角度为拔尖创新型人才培养提供合理的可靠的依据及建议，促进教育教学改革的顺利进行。通过对设有生命科学本硕贯通培养模的各农林院校的培养方案进行比较分析，说明其课程设置需要具有新的特征和侧重点。即：整体课程安排基本实现本硕课程的贯通化，逐步形成由通识类课程、学科大类基础课程和专业课程组成的课程体系，初步实现按照“两段-三阶-多模块”的课程设置理念来组织课程教学；学生前两年的通识教育阶段的课程较多，学习压力加重；必修课比例远远高于选修课比例，学生个性化培养实施进展缓慢；突出学生的科研能力的培养，自主实验环节、导师指导下的学生科研训练均计入学生的总学分，培养学生的科研创新能力。在整个贯通化培养课程设置过程中也存在诸多问题。通过对西北农林科技大学2008级生命科学基地班学生的调查，课程设置中的主要问题是通识教育阶段和专业教育阶段的课程衔接不畅。这种衔接上的问题主要表现为：前两年课程设置太过宽泛、课程学习任务重，个性化教育阶段要求修补太多的专业课程、压力大。同时，课程设置的问题还表现为：通识教育与专业教育课程之间的比例不协调、通识教育最终转化为多学科课程的简单相加等问题，导师和学生的自主性与专业教育的统一性之间的矛盾，学期中课程量的不平衡以及前后课程冲途，新课程开发不足等一系列问题。如何寻求科学理论的指导，对通识教育进行充分认识，学校统一的教学管理组织与个性化教育的冲突，生命科学类专业的研究领域广泛性增加了课程内容，这三个方面成为课程设置出现问题的主要原因。此时，明确人才培养目标，找准生命科学类本硕贯通培养模式中课程设置的立足点，采用适当的课程设置教育观，运用多样的课程组织结构类型，结合学校实际采取合理措施成为解决上述问题的方法与对策。