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本研究以中国荷斯坦奶牛为实验材料,利用PCR-SSCP技术对ABCG2基因编码区(CDS)序列的突变位点进行检测,通过PCR-RFLP技术进行判型,利用SAS软件对多态性与产乳性状之间的相关性进行方差分析。最后进行生物信息学分析。实验结果表明:1、在中国荷斯坦奶牛ABCG2基因编码区(CDS)中共检测到两个多态位点,分别出现在exon9和exon14中,两个位点都导致了氨基酸的改变。2、在exon9存在一个A→G碱基突变,导致氨基酸由酪氨酸突变为半胱氨酸,因此将此突变命名为Y367C;存在两个等位基因,分别命名为A和B。A、B两个等位基因的频率分别为:0.86、0.14;存在三种基因型:AA型、AB型和BB型,基因型频率分别为:0.73、0.26、0.01;多态信息含量为0.22,为低度多态。方差分析结果显示,三种基因型与五种产乳性能之间的差异不显著(P>0.05)。3、在exon14中存在一个G→A突变,导致氨基酸由精氨酸突变为谷氨酰胺,因此将此突变命名为R578Q。其中A、B两个等位基因的频率分别为0.93和0.07;存在三种基因型:AA型、AB型和BB型,基因型频率分别为0.87、0.12和0.01;多态信息含量0.119;AB基因型个体的产乳性能明显优于AA基因型个体的产乳性能,且AB型个体与AA型个体在产乳量和乳蛋白量上的差异达到了显著水平(P<0.05)。4、生物信息学分析表明ABCG2蛋白二级结构包括α-螺旋49.69%,无规则卷曲39.67%,延伸串10.64%;在82-89位为重要的功能氨基酸,400位之后形成了六个跨膜结构域;信号肽序列包含三段,分别出现在500位氨基酸之后,和跨膜区交错;切割序列为LKL-LF。亚细胞定位发现ABCG2蛋白为细胞膜上的非分泌蛋白,亲水性为0.181。两个SNPs一个位于功能区与跨膜区之间的序列,一个位于跨膜区。生物信息学分析发现,蛋白质二级结构增加了一个卷曲(C)、一个螺旋(H)和两个转角(T),同时减少了四个β折叠(E),且ABCG2蛋白的组成和一些性质也发生了改变。从上面的结果可以看出:中国荷斯坦奶牛ABCG2基因编码区多态性对产乳性状具有一定的影响,可以作为影响产乳性能的分子遗传标记位点应用于中国荷斯坦奶牛产乳性能的选择。本实验中检测到的两个SNP(Y367C和R578Q)引起了ABCG2蛋白性质和二级结构的改变,从而进一步说明了两个SNPs的作用。