近年来,我国对科研发展投入逐步提高,据统计,我国2020年研究与试验发展经费支出共计24426亿元,同比增长10.3%。随着科研投入加大,我国对于科研质量管理的要求也在不断提升,“十三五”期间,国务院先后印发了多项政策意见,要求进一步推动政府部门科研管理“放、管、服”,一方面加强科研管理质量导向,另一方面逐步加大项目承接单位对科研项目的过程管理权,这对相关单位的科研管理水平提出了新的要求。高校和医院作为我国纵向科研项目承接单位的重要组成部分,在当前的科研项目管理中仍存在着“重申请、轻过程”、管理控制系统不完善的问题。在现有研究中,对于加强科研项目管理的建议屡见不鲜,但对于相关管控措施对科研项目管理质量的影响机制分析不足,对相关单位按照自身管理现状进一步提升科研管理水平的指导意义不足。因此,本文致力于剖析科研项目管理过程中不同阶段应发挥的管控机制,并研究对于基础研究和应用研究两种不同项目的科研管理侧重点。本文采用的研究方法为案例研究法,选择高校附属医院作为案例研究对象。本文首先基于管理控制系统理论和权变理论,对现有研究文献进行整理,将科研项目管理控制系统划分为投入、过程和产出三个阶段,并对不同阶段的管理控制措施应发挥的控制作用,以及对不同类型科研项目的管理应侧重的控制作用进行分析。通过对案例医院的实地调研、调查问卷,获取案例医院科研管理制度、管理体系、管理流程、实施效果等基本信息,对案例医院科研项目管理控制系统所发挥的控制机制进行分析,发现在高校附属医院科研项目投入阶段中,管理措施应发挥组织工作、资源配置、科研氛围优化、激励方案的支持作用,在过程阶段,应发挥项目进度监督、科研经费管理的监控作用,以及良好的沟通协调机制、外部技术和学术交流的支持作用,在产出阶段,应发挥产出成果验收、科研绩效评价和评价结果运用的监控作用,其中支持机制是指有助于发现机会和解决问题的机制,监控机制是指有助于活动朝向控制目标发展的机制,如监督和评价员工努力程度和行为。同时本文基于问卷调查,搜集了X医院科研项目负责人对项目各阶段控制要素实施效果的评价,以及科研管理实施过程中需改善的环节,本文认为X医院可通过进一步加强对科研人员的激励措施、优化院内基础研究氛围、建立项目部与职能部门沟通协调机制、建立创新贡献、质量导向的科研绩效评价体系等手段提升其科研项目管理水平。同时,基于本文的调查研究,也为其他项目承接单位提升科研项目管理水平提供了一些经验启示。