有限责任公司股权转让限制问题涉及股东的根本利益,因此成为公司实践中较易引发纠纷的问题之一,也一度成为学界探讨的热点话题。虽然2005年修改后的《公司法》针对此问题做了较大幅度地改进(包括实现了有限责任公司股权转让限制立法模式由法定限制向章程自治的重要转变),但是这些改进非但没有使争议得以停止,反而搅起了新的“波澜”。一方面,新《公司法》的相关规定依然显得“粗疏”,其忽略或“逃避”掉的细节问题不得不依赖新的司法解释去解决;另一方面,章程自治权的确立意味着有限责任公司股权转让的限制措施可以多样化。这种自由化的趋势对于当事人来说无疑是一种机遇,但同时也意味着利益失衡、纠纷聚结的风险,从而构成了我国法官将要面临的新挑战。本文即是在新《公司法》承认有限责任公司股权转让章程自治限制的这一背景下对上述问题展开的一些新的思考,以此区别于《公司法》修改前的研究。本文的主体分三个部分展开。第一部分,有限责任公司股权转让限制章程自治模式的确立。笔者通过历史分析的方法回顾了我国有限责任公司股权转让限制立法模式的演变,在此基础上探讨了新《公司法》章程自治模式得以确立的原因。2005年《公司法》修改之前我国一直坚持法定限制模式,这与我国一直以来“管制型”的公司法立法理念是分不开的。而新《公司法》之所以能够实现由法定限制到章程自治的转变有赖于近年来我国理论界关于公司法性质及章程与公司法关系认识的突破,即公司法不应是管制法而应当是适应法。在有限责任公司股权转让限制这一问题上,章程自治模式才是最适合的。第二部分,有限责任公司股权转让限制章程自治的补充。新《公司法》在肯定有限责任公司股权转让限制章程自治的同时,还保留了以往的“法定限制规则”(新《公司法》第72条第2、3款)作为补充。这与我国立法者的价值取向及公司章程自治的现实状况密切相关。新《公司法》第72条第2、3款将主要发挥示范和补充的作用。笔者进一步从三个方面解读了新《公司法》第72条第2、3款的规定。首先,以“达到利益最佳平衡”为标准,将前述补充性规则解读为:股权对外转让时剩余股东可以在合理价格购买权与同等条件优先购买权之间选择行使。其次,探讨了“合理价格”的确定方法。笔者认为该问题很大程度上是一个技术问题,无论是立法还是司法都应当充分尊重经济学家和会计专家的意见,法院介入该问题应采用间接的方式。最后,笔者探究了优先购买权部分行使背后的控股权争夺问题。第三部分,有限责任公司股权转让限制章程自治的界限。有限责任公司股权转让限制章程自治不是恣意的,为其划定合理的界限将是未来我国公司法学者和法院面临的一个重要任务。笔者选取了我国公司实践中出现的关于章程限制有限责任公司股权转让的三类典型案例(“禁止或变相禁止股权转让”、“强制股权转让”和“修改章程变更股权转让限制”),通过比较法研究和利益平衡等价值分析方法揭示了这些案例背后“应当设定”的强制性规则,由此为有限责任公司股权转让限制的章程自治划定一个初步的界限。新《公司法》的颁布绝不意味着结束,而是新的开始。如何顺应我国公司实践发展的需要,兼顾公司各方利益主体的利益,于章程自治与公司法之间实现最佳平衡将是未来公司法研究的一个永恒的课题。