2011年至2015年内完成对我国税制的改革是“十二五”规划的重要内容之一。增值税、个人所得税和新兴产业税，将是我国税制改革中结构性减税的重点内容。自2012年1月1日起在上海试行营业税改增值税交通运输业的试点工作，全国范围内拉开了营改增的序幕，然而2014年1月1日，才开始对铁路运输业进行“营改增”，此时才全面对运输业完成了“营改增”。自从1994年我国税制改革之后，20年内经济形势和产业结构已经完全改变，继而新的税收制度就迫切需要，目前我国现行税种有18种。此次“营改增”对运输企业产生了非常复杂的前所未有的影响。本文先分析交通运输业在“营改增”中面临的问题，税制改革带来了税负的变化，那么企业就要对此做出相应的反应，而且企业要积极响应国家政策，通过自身的产业调整和会计改革，以最快的速度来适应政策变化，努力做到在逆境中寻找希望，在困境里蓬勃发展。再者今年铁路运输业开始税制改革，铁路企业有别于其他运输企业，具有自己的特点。铁路公司多为经营地域广泛、组织结构庞大、服务范围单一的大型企业。其涉及的铁路运输适用11%增值税，货运客运场站服务属于物流辅助服务适用6%增值税。本文选取了大秦铁路股份有限公司为分析对象，主要考虑大秦铁路股份有限公司具有铁路运输业的代表性，其经营状况主要是铁路运输为主，占到了其业务的97%以上；其次大秦铁路作为在上海证券交易所公开上市的上市企业，其公司的财务报告真实、公开，非常具有参考价值，可以作为本文研究和分析的数据来源；最后将大秦铁路的财务报告作为计算依据，分别计算“营改增”前后，企业的税负状况和利润结果，采用对比法能够清晰明了比较出税制改革给大秦铁路以及其他铁路运输企业带来的困扰和问题。为了应对“营改增”对所有运输企业的影响，企业首先考虑自身原因，对内在财务管理方面，提升人员知识水平和基本素质，严格把关所有的会计凭证，完善企业的会计核算体制；在企业成本方面，建立一系列完整的成本监控系统，将商品劳务的价格和现行税率紧密结合在一起，考虑同行竞争者的价格，目标是达到既盈利又不缴纳过高的税额；在成本采购环节，运输公司还应该特别注意可抵扣的进项税，尽可能取得增值税专用发票，合理规划企业的固定资产现有量，进行企业设备更新换代和技术升级是势在必行的，既适应了社会发展提高自身的竞争力又适当降低了企业的税负。企业还需要考虑外在因素，企业需要和税务机关积极沟通和协调，掌握第一手的税制改革政策，而且熟悉相关减免税政策，将政策与企业自身经营状况相结合，进行合理的税务筹划，降低企业涉税风险；当企业自身税负压力确实过大时，申请财政扶持也是一个办法，申请到政府补贴的运输服务或者由税务所提供证明享受政府财政补贴。实行“营改增”，可以有效避免过去饱受诟病的反复征税问题；能对包括现代服务行业在内的第三产业的发展起到积极的促进作用；进一步推动社会分工的科学化、合理化；有助于企业充分利用税务统筹等方法有效降低税收成本，增强企业的综合竞争力，拓宽企业发展空间；充分优化社会资产的生产、投资、消费、出口结构，加快我国国民经济持续大发展。