本研究以50个石榴品种（系）为试材，建立了全国50个石榴品种（系）的指纹图谱，找到了部分品种（系）的特异谱带，探讨了它们之间的亲缘关系；对三白石榴、玉石籽和玛瑙籽及其营养系变异进行了遗传鉴定；以13个品种（系）为试材，测定了石榴种子硬度，探讨石榴软籽性状形成机理。主要结果如下：1.用改良CTAB法成功的提取出了石榴成熟叶片的基因组DNA，并建立和优化了适合石榴的RAPD-PCR反应体系。2．通过扩增得到了50个石榴品种（系）的指纹图谱，并找到了16个品种（系）独有的特异性谱带，可以作为这些品种（系）鉴别的分子标记。3．以遗传距离0.174为阀值，聚类分析可将50个石榴品种（系）划为11类，分析了类群中不同品种（系）及类群间的亲缘关系；以石榴RAPD分析结果为依据，对石榴变种的划分提出了新的见解：认为粉红花白边重瓣石榴、小青皮、四川会理软籽石榴、山东的大红袍等品种可定为新的变种，不应当以花的重瓣、单瓣性状作为观赏石榴变种划分的依据，青粉皮和粉皮也可以单独划分为一个新的变种。4．分别鉴定了三白石榴、玉石籽与其营养系植株的变异程度，找到了它们之间的特异性谱带，探讨了大籽粒性状、果皮红色性状的遗传机理。5．测定了26个品种的种子硬度，发现石榴不同品种之间种子硬度存在极显著差异（F0.01﹥F，α=0.01）；同一品种树冠的不同部位，种子硬度也存在极显著差异（F0.01﹥F，α=0.01）；而且同一个果实的不同心室之间也有一定的差异。石榴种子硬度的遗传背景十分复杂。